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[GROMACS] 求助邻区搜索使用group出现问题

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各位老师和同学们好:
       最近尝试做隐式溶剂模型,邻区搜索cutoff-scheme=group,显示以下警告(如图),这个警告应如何处理呢?我已尝试过把rlist加大,但还是不行,过-maxwarn,但是跑了一步以后,就自动停止了,也没看到什么gromacs给的报错信息。
      在显式下cutoff-scheme=Verlet则可以正常计算。

        是否与gromacs的版本有关系呢?注:在下不是用的最新版本

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发表于 Post on 2019-7-18 20:41:55 | 只看该作者 Only view this author
GB模型下没必要设盒子。看你的mdp文件名似乎还是在PBC下模拟的。把PBC去掉
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-23 10:12:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-18 20:41
GB模型下没必要设盒子。看你的mdp文件名似乎还是在PBC下模拟的。把PBC去掉

  谢谢sob老师!
    我尝试把PBC去掉后,能成功生成tpr文件,但是mdrun的时候又出现了以下问题:
    The charge group starting at atom 3 moved more than the distance allowed by the domain decomposition in direction Z.
    A charge group moved too far between two domain decomposition steps. This usually means that your system is not well equilibrated
    原子3在我的top中是进行了位置限制的,且我的坐标文件是经过预平衡的

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发表于 Post on 2019-7-23 18:57:08 | 只看该作者 Only view this author
sjl 发表于 2019-7-23 10:12
谢谢sob老师!
    我尝试把PBC去掉后,能成功生成tpr文件,但是mdrun的时候又出现了以下问题:
     ...

通常说明设置方面有一些硬伤
没更多的信息不好说

我不晓得你为什么要用GB模型跑动力学。GB下动力学轨迹的可靠性很容易被质疑,除非非用不可,否则强烈不建议用。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-24 15:08:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-23 18:57
通常说明设置方面有一些硬伤
没更多的信息不好说

感谢sob老师!

    我之前尝试过在显式下跑动力学(主要做矿物中的阳离子与水环境中的阳离子相交换),先nvt后npt,最后成品MD模拟150ns,可最终结果显示都只有界面处发生了一些离子交换(量也很少,大概8%左右)个人感觉是因为浓度差的关系,在界面处有了一些交换,无法有力的证明离子交换的顺序,续跑了50ns也没见更多的阳离子相交换,有看到过文献里面采用隐式溶剂计算离子交换容量,所以想试一试。

    由于文件上传不了,所以把mdp文件复制如下:
    title  = NVT
    define  =
   ; Run parameters
    integrator = md  ; leap-frog integrator
    tinit     = 0
    dt      = 0.001  ; 1 fs
    nsteps  = 15000000 ; 1.0 * 15000000 = 10000 ps (15 ns)
    ; COM motion removal
    nstcomm         = 1
    comm-mode       = ANGULAR
    comm-grps       = system
    ; Output control
    nstxout  = 150000  ;
    nstvout  = 150000  ;
    nstfout   = 0   ; save forces every 0 ps
    nstcalcenergy   = 1500           ;
    nstenergy = 1500  ;
    nstlog  = 15000  ;
    nstcheckpoint    = 150000    ;
    nstxout-compressed = 15000        ;
    compressed-x-precision = 15000   ;
    ; Neighborsearching
    cutoff-scheme   = group
    ns_type  = grid  ; search neighboring grid cels
    nstlist  = 1      ; 1 fs
    nstcalclr       = -1
    rlist  = 1.6  ; short-range neighborlist cutoff (in nm)
    ; Periodic boundary conditions
    pbc      = no  ; 3-D PBC
    ;Electrostatics
    coulombtype = Cut-off   ; Cut-off for long-range electrostatics
    rcoulomb = 1.6  ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
    ;Vdw
    vdw-type = Cut-off
    rvdw  = 1.6  ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
    ; Bond parameters
    constraint_algorithm = lincs ; holonomic constraints
    constraints = none         ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
    ; Temperature coupling
    tcoupl  = nose-hoover       ; thermostat
    tc-grps  = system
    tau_t  = 1.0         ; time constant, in ps
    ref_t  = 298         ; reference temperature, in K
    ; Velocity generation
    gen_vel  = Yes  ; Velocity generation is on
    gen_temp   = 298
    gen_seed    = -1
    ;implicit-solvent
    implicit-solvent    =   GBSA
    gb-algorithm        =   HCT
    rgbradii            =   1.6
    gb-epsilon-solvent  =   78
    sa-surface-tension  =   2.25936

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发表于 Post on 2019-7-24 22:32:51 | 只看该作者 Only view this author
sjl 发表于 2019-7-24 15:08
感谢sob老师!

    我之前尝试过在显式下跑动力学(主要做矿物中的阳离子与水环境中的阳 ...

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-26 11:53:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-24 22:32
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谢谢sob老师!我去试试

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