gromacs跑完后结构松散求助

wfmf1994 · 发表于 Post on 2019-6-3 19:33:26

各位老师，请问为什么我用packmol建完结构后经过能量最小化后，再跑npt，跑完之后的盒子边缘并不平整，有部分分子跑出了盒子(图1与图2是同样的离子液体，图2是正常的，图1有部分飞出了盒子，图一分子数是图2的四分之一) npt.mdp如下注:恒温器也尝试过v-rescale,盒子试过比这个小一点的，效果也不是特别明显。谢谢

diaok · 发表于 Post on 2019-6-3 20:55:28

飞出去是周期性条件跑到相接的盒子里了，是正常现象，不影响结果

wfmf1994 · 发表于 Post on 2019-6-4 08:50:43

diaok 发表于 2019-6-3 20:55
飞出去是周期性条件跑到相接的盒子里了，是正常现象，不影响结果

但是我看之前跑的npt都十分的紧密，这次做的却很松散，这个结果是正常的吗

diaok · 发表于 Post on 2019-6-4 12:17:23

wfmf1994 发表于 2019-6-4 08:50
但是我看之前跑的npt都十分的紧密，这次做的却很松散，这个结果是正常的吗

只要没报错就正常

wfmf1994 · 发表于 Post on 2019-6-4 14:27:27

diaok 发表于 2019-6-4 12:17
只要没报错就正常

那就好，谢谢

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