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[GROMACS] A+B+水 溶剂体系的一些问题

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有机分子A在水中易聚集生成沉淀,加入有机溶剂B改善A的分散稳定性,体系里有A+B+水,(1)我想问一下如何表征体系已经达到平衡?原本是计算A的SASA,这样可行吗?还有其他较好的方法吗?(2)已知A的聚集原因主要是疏水区域的pi-pi堆积,我想主要计算A疏水区域周围B和水的RDF,而不是整个A分子,这样做可以吗?(3)计算溶剂B和水的RDF,是做整个分子好还是做部分原子的?比如说OW?

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2#
发表于 Post on 2019-5-14 20:15:51 | 只看该作者 Only view this author
1 可行。如果还有氢键的话,可以考察氢键数之类。

2 可以

3 看具体情况,诸如B的结构、研究目的等。不清楚就都试试看哪种更能说明问题

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