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[GROMACS] 求助,用LigParGen生成氯离子拓扑文件总是出错

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楼主
老师您好,我先用gview画一个氯原子,保存为.mol格式后,上传到LigParGen,结果总是提示出错,请问是什么原因啊

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发表于 Post on 2019-5-13 13:00:56 | 只看该作者 Only view this author
就一个氯离子何必用LigParGen,拓扑信息在gmx里都内置了,直接include力场目录下的ions.itp就可以用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-13 13:51:52 | 只看该作者 Only view this author
请问老师在结构文件里要怎么加氯离子呢,不好意思,我不是太明白
我想模拟的体系里有一种物质是[C2H8ON]+[Cl]-,阳离子部分我用acpype得到,阴离子部分我不知道怎么加进去,希望老师指导一下,谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-13 14:02:49 | 只看该作者 Only view this author
就是乙醇胺盐酸盐,应该是要分阴离子和阳离子的吧

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发表于 Post on 2019-5-14 03:07:44 | 只看该作者 Only view this author
模拟小菜鸟 发表于 2019-5-13 13:51
请问老师在结构文件里要怎么加氯离子呢,不好意思,我不是太明白
我想模拟的体系里有一种物质是[C2H8ON]+[ ...

如果你用packmol建体系,直接把[C2H8ON]+[Cl]-整个作为一个分子来加
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-14 08:17:20 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我用的是packmol建立体系,但是将它作为一个整体,会不会改变了电性呢?

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