对接过程中配体与受体的距离能否控制？

哈哈哈 · 发表于 Post on 2019-5-9 21:57:40

本帖最后由哈哈哈于 2019-5-10 09:53 编辑

老师，我想做一个小分子配体A对接到蛋白中已有的一个配体B上。看配体A相对配体B的活性代谢位点（B是代谢A的催化剂），想控制A中至少有一个原子与B中某个特定原子的距离。
用的是DS的相应对接模块做，有没有什么设定可以控制呢？麻烦了哈。

azero · 发表于 Post on 2019-5-10 16:38:30

DS对接用得很少
可以尝试一下gold，可以添加各种constraint，然后不同的打分constraint的“能力”有所区别
glide也可以添加限制

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[分子对接] 对接过程中配体与受体的距离能否控制？