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[Amber] amber加热时出现问题,前面的能量最小化正常运行

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本帖最后由 potato 于 2019-5-6 14:50 编辑

amber在加热的时候只到第一步就停止了,报如下错误,前面的能量最小化可以正常运行,原子之间距离正常,没有相隔很近的原子
体系里面含有一个磷酸根和镁离子,去掉磷酸根和镁离子可以正常进行md
APPROXIMATING switch and d/dx switch using CUBIC SPLINE INTERPOLATION
using   5000.0 points per unit in tabled values
TESTING RELATIVE ERROR over r ranging from 0.0 to cutoff
| CHECK switch(x): max rel err =   0.2738E-14   at   2.422500
| CHECK d/dx switch(x): max rel err =   0.8314E-11   at   2.736960
---------------------------------------------------
|---------------------------------------------------
| APPROXIMATING direct energy using CUBIC SPLINE INTERPOLATION
|  with   50.0 points per unit in tabled values
| Relative Error Limit not exceeded for r .gt.   2.33
| APPROXIMATING direct force using CUBIC SPLINE INTERPOLATION
|  with   50.0 points per unit in tabled values
| Relative Error Limit not exceeded for r .gt.   2.80

求助各位有没有遇到类似情况,请问是如何解决的?

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2#
发表于 Post on 2019-5-7 07:59:02 | 只看该作者 Only view this author
情况不明。可以尝试磷酸根+钠离子,或者氯离子+镁离子,看到底是哪个离子造成的问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-13 14:31:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-7 07:59
情况不明。可以尝试磷酸根+钠离子,或者氯离子+镁离子,看到底是哪个离子造成的问题

sob老师您好,我尝试了一下确定是磷酸根的问题,只剩下蛋白和镁离子是可以正常进行md的

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