请问一下我这个膜吸附蛋白的模型合不合理

yyy1996 · 发表于 Post on 2019-4-18 11:18:45

我想请问一下，我现在研究的是pvdf-trfe薄膜掺杂铁酸钴（CFO），然后研究对蛋白吸附的影响。然后CFO我是在findit里面找到的晶体，然后找到的最小单元来当做单体，然后大概模型是这样。由于老师也不懂，我现在做到em能量总是太大了，达不到我设定的值，导致之后的nvt出现Segmentation fault问题。所以我现在有点怀疑初始构型是不是就有问题。因为老师完全不懂这个，所以我只好咨询你们啦。谢谢大家。图片见附件123.

yyy1996 · 发表于 Post on 2019-4-18 11:26:17

由于刚接触GROMACS不到一个月就被老师抓来做这个课题，所以可能有一些很低级的错误还请大家批评指正！

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-18 17:30:29

力场有问题的可能性很大
复合结构跑起来出问题就把体系尽可能简化，并用最简单的关键词跑，然后逐渐加上其它要素反复再试，逐渐搞明白原因

yyy1996 · 发表于 Post on 2019-4-18 21:24:54

sobereva 发表于 2019-4-18 17:30
力场有问题的可能性很大
复合结构跑起来出问题就把体系尽可能简化，并用最简单的关键词跑，然后逐渐加上其 ...

谢谢老师的悉心解答。我用的都是amber99sb力场来处理的。这个力场对蛋白适用，但是不确定铁酸钴晶体适不适用，如果不适用的话，请教一下老师，有什么力场比较适合铁酸钴或者这一类晶体的呢？

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-19 03:37:43

yyy1996 发表于 2019-4-18 21:24
谢谢老师的悉心解答。我用的都是amber99sb力场来处理的。这个力场对蛋白适用，但是不确定铁酸钴晶体适不 ...

amber99sb是给生物分子和部分有机分子用的，不可能用于铁酸钴
你搜搜文献铁酸钴这类都用什么力场

yyy1996 · 发表于 Post on 2019-4-19 08:45:22

sobereva 发表于 2019-4-19 03:37
amber99sb是给生物分子和部分有机分子用的，不可能用于铁酸钴
你搜搜文献铁酸钴这类都用什么力场

好的谢谢sob老师

yyy1996 · 发表于 Post on 2019-4-23 11:24:01

sobereva 发表于 2019-4-19 03:37
amber99sb是给生物分子和部分有机分子用的，不可能用于铁酸钴
你搜搜文献铁酸钴这类都用什么力场

老师我更正了一下。我看有文献模拟的是二氧化钛膜吸附的蛋白用的charmm力场，于是我又把整个体系放在charmm力场下模拟了一下，发现还是同样的问题，跑em的时候Fmax太大了，e+05，达不到我设定的1000，我试过先把阈值调大到五千，然后慢慢降，结果还是不行。请问一下sob老师这个该怎么办呢？另外，我的膜的itp文件是用OBGMX得到的，然后电荷使用的Multiwfn计算的，然后把膜的top修改了一下。

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-24 03:05:21

yyy1996 发表于 2019-4-23 11:24
老师我更正了一下。我看有文献模拟的是二氧化钛膜吸附的蛋白用的charmm力场，于是我又把整个体系放在char ...

charmm不包含这些无机部分的参数，别人如果用这个模拟了，肯定也是额外补了参数。
怎么处理我前面已经说了，复杂体系模拟出问题，就先用最简单的模型开始一点一点反复尝试，检查各个环节都没问题，然后再组合到一起。

yyy1996 · 发表于 Post on 2019-4-24 08:31:16

sobereva 发表于 2019-4-24 03:05
charmm不包含这些无机部分的参数，别人如果用这个模拟了，肯定也是额外补了参数。
怎么处理我前面已经说 ...

好的，谢谢sob老师。

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