lammps中L-J势和库伦势计算时有计算分子内的原子间的能量吗？

阳光下的尘

大家好！
     我想统计体系分子间的能量，如图，lammps中有这么多能量项（pair or bond or angle or dihedral or improper or kspace or fix ），pair能量项我们在定义的时候不是有包含库伦势以及L-J势嘛，我看lammps手册上对pair势的定义是“In LAMMPS, pair potentials are defined between pairs of atoms that are within a cutoff distance ”，也就是说pair势是原子对在cutoff distance之间的能量。
     如果这样理解的话，那么分子内的能量除了那些键能量、角能量之外，是不是还包括分子内原子对之间的L-J势以及库伦势呀？
     这是能量定义澄清的问题，欢迎大家交流！！

k64_cc

分子内1-2、1-3不算，1-4有scale factor，再远就正常算了。Lammps怎么搞我不知道，不过力场都是这么定义的。

阳光下的尘

k64_cc 发表于 2019-4-8 09:43
分子内1-2、1-3不算，1-4有scale factor，再远就正常算了。Lammps怎么搞我不知道，不过力场都是这么定义的 ...

谢谢明白啦！查看了lammps中的special_bonds命令：lammps在计算库伦作用和范德华作用时，是排除了分子内的1-2，1-3作用的！

Recycled

阳光下的尘 发表于 2019-4-13 14:09
谢谢明白啦！查看了lammps中的special_bonds命令：lammps在计算库伦作用和范德华作用时，是排除了分子内 ...

您好！请问您的意思是在special_bonds 的命令中，
wt1 和 wt2 应该设置为 0.0 和 0.0 ，而 wt3 设置为scale factor
这样吗？

阳光下的尘

Recycled 发表于 2019-4-29 11:26
您好！请问您的意思是在special_bonds 的命令中，
wt1 和 wt2 应该设置为 0.0 和 0.0 ，而 wt3 设置为sc ...

应该是要参考要做的体系的力场参数来设置，要提前了解所要用的力场中有没有包含这些项，再进行相关的设置

Recycled

阳光下的尘 发表于 2019-4-29 13:42
应该是要参考要做的体系的力场参数来设置，要提前了解所要用的力场中有没有包含这些项，再进行相关的设置

好的，十分感谢您的回复！