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[Lammps] 求助,有人模拟过较为复杂有机物吗?比如硬脂酸之类的

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很疑惑,电荷和lj势能参数以及角、二面角只能从文献里找吗?

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发表于 Post on 2019-4-3 16:04:46 | 只看该作者 Only view this author
电荷可以自己算。有机体系用于MD的电荷一般建议用RESP,看
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html

我不用lammps,参数如果没有内置的,肯定得去文献里找(GAFF、OPLS-AA、CGenFF等力场里的参数都能描述此体系),要么就自己拟合,然而对于这么普通的体系完全用不着自己拟合,又麻烦又容易被质疑可靠性
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-4-3 18:01:56 | 只看该作者 Only view this author
常见的结构网上能找到,实在找不到找一个相似的,改下结构拿去优化。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-20 23:19:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-3 16:04
电荷可以自己算。有机体系用于MD的电荷一般建议用RESP,看
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计 ...

好的,谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-20 23:20:27 | 只看该作者 Only view this author
archer 发表于 2019-4-3 18:01
常见的结构网上能找到,实在找不到找一个相似的,改下结构拿去优化。

改下结构去优化?应该怎么实现

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发表于 Post on 2019-6-21 02:01:41 | 只看该作者 Only view this author
一舸归 发表于 2019-6-20 23:20
改下结构去优化?应该怎么实现

gview里对已有结构进行修改,再用Gaussian等程序优化
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