怎么用CINEB算原子迁移反应路径？

lei234

请问用CINEB算原子迁移反应路径时，始态和终态结构是不是完全一样的？这样的话，怎么插点呢？我插完点后都是一样的，求大神指教！！

hakuna

IS和FS是否一样看你的结构呀，是不是有缺陷？即便扩散前后结构一样，也可以插点，把相关原子次序调一下就可以了

lei234

hakuna 发表于 2019-3-25 11:39
IS和FS是否一样看你的结构呀，是不是有缺陷？即便扩散前后结构一样，也可以插点，把相关原子次序调一下就可 ...

就是在一个二维材料表面上算一种原子的迁移能垒，是不是一定得有个缺陷空位，这样才能发生迁移呀？还有我固定了上方的其它原子，只让要迁移的原子动，但发现插点的结构其它原子也在动，不知道为什么？像图中这样的不同路径要怎么插点呀？您说的即使前后结构一样，也可以插点，把相关原子次序调一下就可以，请问怎么调呢？插点不是用nebmake.pl  自动生成的吗？ 问题有点乱，还希望您能指点一二，不甚感激！

hakuna

就是在一个二维材料表面上算一种原子的迁移能垒，是不是一定得有个缺陷空位，这样才能发生迁移呀？
要不要缺陷就看你想讨论什么问题，有无缺陷不影响考察粒子扩散

还有我固定了上方的其它原子，只让要迁移的原子动，但发现插点的结构其它原子也在动，不知道为什么？
1.IS和FS结构优化后两维材料中原子位置会有点差别，插入中间结构时当然会有少许变化，正常。2.检查你的IS和FS中原子次序是否一致，一致是必须的

像图中这样的不同路径要怎么插点呀？
原子扩散前后位置不同，也就是IS和FS结构不同，只要把IS和FS结构POSCAR弄对了[保持IS和FS中原子次序一致]，直接插结构就可以了

您说的即使前后结构一样，也可以插点，把相关原子次序调一下就可以，请问怎么调呢？
原本以为你问的是体相内部粒子扩散，可以暂不考虑这个

插点不是用nebmake.pl  自动生成的吗？
是，但你自己得准备IS和FS的POSCAR。
多啰嗦一句，nebmake采用线性插值，插入结构不一定合理，所以生成中间各image后，要检查一下，如果不合理就手动改一下，特别注意不要出现原子间距过近的情况。

lei234

hakuna 发表于 2019-3-25 19:45
就是在一个二维材料表面上算一种原子的迁移能垒，是不是一定得有个缺陷空位，这样才能发生迁移呀？
要不要 ...

谢谢您的耐心回复！还是有几个问题不懂，希望您能解答~
1. 像图中这样算石墨烯表面Li原子的迁移话，超胞中是不是只留下要迁移的一个Li原子？其它Li删掉？不删掉的话，所有的Li原子都在动，难道要手动把其它Li原子移回去吗？我试过固定其它Li原子坐标，发现没用，还是在动。
2. 用isif=2优化完发现层与层之间的距离减小了，变成三维了，？
3. nebmake是线性插点的话，这种弯曲路径怎么插点的呢？

hakuna

算粒子扩散不是集体大逃亡，开个玩笑.....
1.你的理解可能有点问题，图中示意的是‘一个粒子扩散时走过的路’，不是列队集体冲锋。作为一个模型，你可以只考虑一个Li原子在上面嗨一下，如果要考虑其它Li原子存在时会有什么影响，那就另当别论了，放置其它LI原子时别挡了扩散的道儿

2.这个问题没弄明白，你的表面是单层原子还是多层原子？还是取了单层原子优化后皱褶了？.......

3.插完后手动改。曾经有文章讲到非线性插值的，但没有发出来代码，而且也不好控制。

木小虫427

hakuna 发表于 2019-3-25 19:45
就是在一个二维材料表面上算一种原子的迁移能垒，是不是一定得有个缺陷空位，这样才能发生迁移呀？
要不要 ...

1.请问原子间距过近是以VESTA上显示两个原子有重合为准吗？
2.如果过近，是要调到哪儿呢？要在前后两个POSCAR位置之间吧？

hakuna

木小虫427 发表于 2019-11-1 17:03
1.请问原子间距过近是以VESTA上显示两个原子有重合为准吗？
2.如果过近，是要调到哪儿呢？要在前后两个P ...

1.过不过近，大致可以用相关原子间距不小于原子半径和
2.发挥点儿想象力，闭上眼睛想一想迁移变化

木小虫427

hakuna 发表于 2019-11-1 20:46
1.过不过近，大致可以用相关原子间距不小于原子半径和
2.发挥点儿想象力，闭上眼睛想一想迁移变化

嗯嗯。我是比较了一下前后两个结构原子的位置，能看出来它在翻越一个Li原子，就把它往外面调了调。
可是还有问题是，我研究的电解质应该是Li在移动吧，可是因为构建结构的时候是按照另外一种原子的占据比构的几种可能，所以初末结构的变化都反应在另一种原子上，虽然相对来讲也可以看做Li在移动，可是看结构变化，只能看出另外一种原子挪来挪去，怎么看怎么别扭，请问这种电解质的原子迁移路径分析，不是一定要看到Li在移动吧，相对在动就可以?

hakuna

木小虫427 发表于 2019-11-4 08:50
嗯嗯。我是比较了一下前后两个结构原子的位置，能看出来它在翻越一个Li原子，就把它往外面调了调。
可是 ...

没弄明白你的意思，如果仅是Li扩散，体系里其他原子在Li扩散前后，应该基本保持在原位置上
感觉你的IS和FS结构有问题，检查一下你IS和FS中原子次序是否一致
网上有专门写表面上原子扩散的文章，你可以参考一下。
官网也有例子的：

https://www.vasp.at/wiki/index.p ... t_adatom_on_fcc-Pt_(001):_Nudged_Elastic_Band_Calculation
上面整行全拷到地址栏打开

木小虫427

hakuna 发表于 2019-11-12 11:27
没弄明白你的意思，如果仅是Li扩散，体系里其他原子在Li扩散前后，应该基本保持在原位置上
...

谢谢您~您分享的我看了，就是还有两个疑问，我之前说的不太清楚，麻烦您再看看行吗？
1. 我的结构中有一个非锂原子（X）是在两个位置分数占据的，所以就猜测了六种可能的结构，之后老师说找两个能量低的、锂位点变化比较少的结构做NEB，而这两种结构的区别在我看来主要是X原子的位置不同。所以用这样的初末态结构是否可以模拟锂离子的迁移过程？
2. 如果可以的话，我不太懂怎么算是原子次序一致，比如说从VESTA上看，两个结构的X5都在棱上，但是它们旁边角上的X分别标注是X3和X4，这个就叫不一致吗？
谢谢您的帮助~

hakuna

木小虫427 发表于 2019-11-12 23:16
谢谢您~您分享的我看了，就是还有两个疑问，我之前说的不太清楚，麻烦您再看看行吗？
1. 我的结构中有一 ...

这样做不妥，Li在表面上的扩散能造成X的位置移动吗？我觉得可能性比较小，你把X不同位置的表面分别写在了IS和FS中来讨论Li扩散，实际上同时伴随了X在表面层下的扩散，这两个过程恐怕不能同时进行，不能设计为一个表面反应。正确的做法是，保持X在表面中的位置不变(不仅显示出现在同一个位置，而且在IS和FS的两个POSCAR里前后次序也要一样)，再讨论Li的扩散。
所谓原子次序一致，就是指在IS和FS的两个POSCAR里，不同位置原子前后排列次序一致。显然你的初态和末态中x在poscar里并不一样，一个排在第三位，另一个排在第四位。
只是根据你提供的信息猜想的，不一定对，仅供参考

木小虫427

hakuna 发表于 2019-11-14 14:46
这样做不妥，Li在表面上的扩散能造成X的位置移动吗？我觉得可能性比较小，你把X不同位置的表面分别写在了 ...

我明白您的意思了，非常感谢您的帮助~收获很多