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楼主 Author: sobereva
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[GROMACS] GROMACS的安装方法(含全程视频演示)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-17 02:58:41 | 只看该作者 Only view this author
unravel 发表于 2023-2-17 00:35
sob老师 我在编译fftw的时候 一直不出现fftw338的目录 怎么办?

视频里对每一步操作都体现得极其清楚,仔细照着做
并且看清楚编译过程的所有提示判断可能原因
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-17 02:59:09 | 只看该作者 Only view this author
unravel 发表于 2023-2-17 01:35
make[2]: *** [src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/utility/keyvaluetreetransform.cpp.o] 错误 4
mak ...

看更前面的信息
并且说清楚编译环境,诸如系统、编译器版本、具体用的编译命令、程序版本。所有细节全都尽最大所能交代清楚详细
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发表于 Post on 2023-3-18 19:53:23 | 只看该作者 Only view this author
cmake可以用pip安装(版本3.26),版本比我在ubuntu下使用apt安装(版本3.16)新
但是需要手动添加到.bashrc
export PATH=$PATH:[安装目录]
注:gmx 2023版需要3.18版本的cmake才能编译

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发表于 Post on 2023-5-27 23:51:32 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 jia1012428 于 2023-5-27 23:52 编辑
sobereva 发表于 2019-1-20 16:37
严格按照帖子操作。没有特殊情况别升级gcc,省得出现额外问题

老师您好,我现在打算装gromacs 2022,请问要不要先升级gcc。另外,还有个问题,我们实验室新买的高性能计算机,但是没有联网,您觉得我方便完成安装gromacs吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-28 02:08:07 | 只看该作者 Only view this author
jia1012428 发表于 2023-5-27 23:51
老师您好,我现在打算装gromacs 2022,请问要不要先升级gcc。另外,还有个问题,我们实验室新买的高性能 ...

先说清楚当前什么系统、什么版本gcc,版本够新自然就不用升级。拿不准就直接编译试试,能通过就说明没问题用不着联网
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发表于 Post on 2023-5-29 15:20:32 | 只看该作者 Only view this author
我还没有拿到机房钥匙,具体配置我还不清楚,按您的意思,我是不是可以先装起来,哪个提示不行我再升级哪个

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-29 23:46:57 | 只看该作者 Only view this author
jia1012428 发表于 2023-5-29 15:20
我还没有拿到机房钥匙,具体配置我还不清楚,按您的意思,我是不是可以先装起来,哪个提示不行我再升级哪个

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发表于 Post on 2023-7-13 17:07:14 | 只看该作者 Only view this author
大家不会装,可以选择淘宝远程装嘛,虽然自己没有掌握到装gromacs的技能,但是装的还是挺快的;现目前,已经装2023最新版本,2个cpu并行,32物理核心,64逻辑核心,256共享内存;NVIDIA RTX A5000 专业级显卡,25GB独立显存,目前,计算3万总原子的体系,md时,平均700ns/d,供大家参考。测试过,17万原子体系,平均100ns/d。

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发表于 Post on 2023-8-11 17:17:32 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我现在是centos7.6系统,gcc3.8.5,cmake3.17.5,已经安装了gmx2018.8。现在想要安装您推荐的2022.5版本进行GPU计算,请问gcc和cmake都需要升级吗,升级之后影响已经安装好的gmx2018.8的运行吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-12 02:50:16 | 只看该作者 Only view this author
关于时间DE 发表于 2023-8-11 17:17
sob老师您好,我现在是centos7.6系统,gcc3.8.5,cmake3.17.5,已经安装了gmx2018.8。现在想要安装您推荐的 ...


应该不影响。大不了再重新编译一遍2018.8就完了
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发表于 Post on 2023-9-7 18:55:30 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 呆宝可乐 于 2023-9-8 09:16 编辑

CentOS Stream 8 有三个问题想请教,1.本文假定读者是root用户,程序将被安装到/sob目录下。服务器是自己在用,如何切换至root用户?su/su root 输入秘密之后显示su: 鉴定故障;                                       2.第一步:下载cmake,然后解压,进入其目录,运行./bootstrap --prefix=/sob/cmake3 -- -DCMAKE_USE_OPENSSL=OFF,出现如下错误                                                                                                                             Error when bootstrapping CMake:
Cannot find a C++ compiler that supports both C++11 and the specified C++ flags.
Please specify one using environment variable CXX.
The C++ flags are "".
They can be changed using the environment variable CXXFLAGS.
See cmake_bootstrap.log for compilers attempted.
Log of errors: /home/aa/公共/cmake-3.26.5/Bootstrap.cmk/cmake_bootstrap.log

是我的C++版本有问题吗?求指教
3.之后在~/.bashrc里加入export PATH=$PATH:/sob/cmake3/bin ,其中~/.bashrc是用编辑器打开?命令是nano ~/.bashrc? 感谢指教

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发表于 Post on 2023-12-25 21:27:06 | 只看该作者 Only view this author
xaomidaxue 发表于 2019-1-20 17:46
严格按照帖子来操作,还是提示上述错误,说Gromacs需要4.8.1以上的gcc版本,但是我的都是6.0.1的版本了, ...

请问gcc换成4.8版本安装成功了吗

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发表于 Post on 2024-6-5 09:38:31 | 只看该作者 Only view this author
您好sob老师,我在编译双精度版本(2019.6)时,出现如下报错:
CMake Error at cmake/gmxManageGPU.cmake:50 (message):
  GPU acceleration is not available in double precision!
Call Stack (most recent call first):
  CMakeLists.txt:226 (include)
请问是什么原因呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-6 00:41:00 | 只看该作者 Only view this author
mol 发表于 2024-6-5 09:38
您好sob老师,我在编译双精度版本(2019.6)时,出现如下报错:
CMake Error at cmake/gmxManageGPU.cmake ...

GPU加速不支持双精度版本
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发表于 Post on 2024-6-6 08:54:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-6 00:41
GPU加速不支持双精度版本

谢谢老师,因为之前安装了gpu版本,那这样话流程应该是我再编译一个cpu版本,然后再编译一个cpu的双精度版本?

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