Vasp算过渡态正常收敛的结果文件是什么样子？

chenxiankai

最近用vasp CI-NEB 算C-C 耦合过渡态 算了好久能量变化一直不变  一点都没变 就这样一直算下去么啊？ 想知道什么样是完成一个过渡态寻找的正常结果文件？ 希望好心人的指导  非常感谢
  

夜夜衣

你的CI-neb都没有编译成功吧，不然用neb.ef输出第二列应该是有原子受力的值得，你的全是0

夜夜衣

夜夜衣 发表于 2019-1-8 16:29
你的CI-neb都没有编译成功吧，不然用neb.ef输出第二列应该是有原子受力的值得，你的全是0

或者你的CI-NEB编译成功了，但是提交任务的脚本还是用的旧的，这样也掉用不了新编译了CI-NEB的vasp

archer

看任意一个文件夹的OSIZCAR，如果迭代步数等于你设置的最大步数，肯定没收敛。选取能量最大值的CONTCAR，验证频率，检查是否找到过渡态。

chenxiankai

夜夜衣 发表于 2019-1-8 16:29
你的CI-neb都没有编译成功吧，不然用neb.ef输出第二列应该是有原子受力的值得，你的全是0

非常感谢你的回复 你是对的 我的脚本里没有调用vasp-vtst 我找了一下vasp-vtst所在的路径加入了脚本中的倒数第二行， 麻烦帮我看一下我的脚本调用的对不对 多谢！
#PBS -e vasp.err
#PBS -M dandan.zhang@chemistry.gatech.edu
#PBS -l select=ncpus=1024
#PBS -l walltime=10:00:00
#PBS -N
#PBS -l job_type=MPI
cd $HOME/

cp INCAR KPOINTS POSCAR POTCAR $WORKDIR/

cd $WORKDIR/

# Specifies version and number of processors for vasp wrapper script
setenv VASP_NPROCS 1024

#source $MODULESHOME/init/sh
module use /app/restricted/VASP/modulefiles
module load /app/restricted/VASP/modulefiles/VASP/5.5.3

/app/restricted/VASP/bin/vasp-vtst

cp * $HOME/VASP/Hong/Br_i/CI-3

chenxiankai

archer 发表于 2019-1-8 19:43
看任意一个文件夹的OSIZCAR，如果迭代步数等于你设置的最大步数，肯定没收敛。选取能量最大值的CONTCAR，验 ...

非常感谢你的回复 验证频率要怎么验证呢 是用这个CONTCAR做POSCAR 之后再INCAR中改关键字就行了么啊  另外 我的体系体积比较大 有一百多个金属原子的表面  算频率是不是会非常耗时 第一次做 什么都不懂 还请多多指教 ！

夜夜衣

chenxiankai 发表于 2019-1-11 23:29
非常感谢你的回复 你是对的 我的脚本里没有调用vasp-vtst 我找了一下vasp-vtst所在的路径加入 ...

脚本这个不太会，得找专业人士，验证频率就对能量最高的image中对应的CONTAR，进行频率计算，如果只有唯一一个大虚频， 构型也看着像过渡态 就可以认为是过渡态了。复杂的过渡态，建议IOPT= 7  不会有太大的震荡  ediffg=-0.05甚至-0.1，等收敛了再算频率

granvia

夜夜衣 发表于 2019-1-17 16:53
脚本这个不太会，得找专业人士，验证频率就对能量最高的image中对应的CONTAR，进行频率计算，如果只有唯 ...

这个力收敛的精度有些太粗糙了吧？

夜夜衣

granvia 发表于 2019-1-17 17:47
这个力收敛的精度有些太粗糙了吧？

简单的没必要这么粗糙，但是如果neb计算保持和优化的收敛力一样的话，比如-0.02，几百步都不会收敛，太浪费时间了，我的经验是在最高的能量最高的像点的原子受力在0.05左右就停止计算了，拿出来算频率，基本就只有一个大虚频，如果还有个稍大点的在100cm-1以下我也就不考虑了，看看震动模式，符合我的预期基本就确定了，还有更大的超过100cm-1我就会考虑用dimer继续算，这样节省资源，他的这个体系大 全是金属原子，力收敛设置的太精确基本不会收敛的，不过按这个哥们以前的回答是个土豪 NEB用上千个节点算的，我的担心多余了。

granvia

夜夜衣 发表于 2019-1-17 19:06
简单的没必要这么粗糙，但是如果neb计算保持和优化的收敛力一样的话，比如-0.02，几百步都不会收敛，太浪 ...

理解。就更甭提用IRC确定反应路径了吧。很多第一性原理算的反应能发很牛的杂志，但里面的模拟结果我一般都不太信。