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[Amber] amber能做单个离子指定方向的PMF吗

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楼主
我做的是蛋白质DNA分子间离子的PMF,尝试的是AMBER17的manuel23.1 的Distance restaints。RST文件:&rstiat=1744,6661,
r2=4.9,
rk2=20,
r2a=15,
/
想将6661号离子从距离1744号原子(一个较远处侧链的氧原子)4.9埃处用20的力拉到15埃,不知道写得有没有错;结果总是会把一个或者几个蛋白质的侧链拉出破坏了二级结构。后来我给蛋白质施加了各500的约束,结果却是几个蛋白质侧链和离子相对位置不变,而1744号氧原子所在基团跑得好远。
我想问的是,是否有方法能直接以一个方向拉离子,不会影响到旁边的侧链(特别是作为参照的那个原子侧链)呢。我尝试过添加fxyz=1.685,-0.558,-4.58,会报jar option running In Jarzynsky runs, there must only one restrain, stopping program错。
以为是我的pull.in
pull 32ns PROTEIN and DNA 300K
&cntrl
   imin=0, ntx=7, irest=1, pres0=1.0, taup=2.0,
   ntc=2, ntf=2, tol=0.0000001, ntr=0,
   nstlim=100000, ntt=3, gamma_ln=1.0,
   temp0=300.0,
   ntpr=1000, ntwr=50000, ntwx=10,
   dt=0.002, ig=-1,
   ntb=2, cut=10.0, ioutfm=1, ntxo=2,
   nmropt=1, ntp=1, gamma_ten=0.0, ninterface=2, jar=1,
/
&wt type='DUMPFREQ', istep1=1000 /
&wt type='END', /
DISANG=pull.RST
DUMPAVE=pull.dat
LISTIN=POUT
LISTOUT=POUT
/
/
&ewald
  skinnb=3.0,
/
Hold the PROTEIN & DNA fixed
500.0
RES 1 378
END
END





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