分子动力学研究先学习哪款软件比较合适新手

xaomidaxue · 发表于 Post on 2018-10-23 11:14:01

最近，课题主要是通过分子动力学模拟有机物的熔点、蒸镀温度、高温相变情况。课题组也没有人做这方面的研究，有一点基础量化的（主要是gaussian、MS软件研究单分子体系）。目前的课题需要用到分子动力学软件，调研了一下主要有gromacs、abmer和lammps。gromacs和lammps都是免费开源，但是新手上手还是有一定的难度，有个培训班想去学习一下，然后结合自己的课题研究后，来年再去sober老师的gromacs培训班学习下。
想请教一下老师上述3款软件哪款入手比较容易，市场占有率高？哪款软件比较适合我的体系研究？
谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2018-10-23 11:52:03

用gromacs就够了，其用户数目是所有其它动力学程序用户数的总和，对这种体系完全适合，速度极快，十分灵活，上手并不困难，参加过科音动力学与gromacs培训班，弄懂方法原理、程序的规则和逻辑再结合例子，很容易就能上手。
amber相对来说优点是支持不少高级功能，但是绝大部分研究者也不怎么用得上，反倒把程序弄得很臃肿。lammps主要用在无机材料、纳米体系、力学等方面的模拟。但凡gmx十分适合的领域，就没必要用其它程序。

xaomidaxue · 发表于 Post on 2018-10-23 12:52:57

sobereva 发表于 2018-10-23 11:52
用gromacs就够了，其用户数目是所有其它动力学程序用户数的总和，对这种体系完全适合，速度极快，十分灵活 ...

最近什么时候有相应的gromacs培训班？谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2018-10-23 14:47:05

xaomidaxue 发表于 2018-10-23 12:52
最近什么时候有相应的gromacs培训班？谢谢老师

我在另一个帖子里回复了

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[综合交流] 分子动力学研究先学习哪款软件比较合适新手

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