请教有关cp2k跑十几步就卡住不动的问题

amagi

第一次用cp2k，情况是这样的：我先用g09优化小分子和溶剂，然后用packmol生成5*5*5nm的体系（只有一个小分子，其他都是有机溶剂），再拿到amber里跑10ps的MD，最后把小分子和周围6埃的溶剂分子取出来拿到cp2k里跑AIMD，总是跑到几十几百步就卡住不动了。以下是我的cp2k输入文参数：@SET BASIS_MOLOPT_DIR /opt/cp2k/cp2k/data/BASIS_MOLOPT   
@SET BASIS_SET_DIR /opt/cp2k/cp2k/data/GTH_BASIS_SETS   
@SET POTENTIAL_DIR /opt/cp2k/cp2k/data/GTH_POTENTIALS
&GLOBAL
   PROJECT_NAME Y3-1
   RUN_TYPE  MD
   PRINT_LEVEL LOW
&END GLOBAL
&MOTION
   &MD
     ENSEMBLE  NVT
     STEPS  10000
     TIMESTEP  2
     TEMPERATURE  373
     &THERMOSTAT
       TYPE  CSVR
       &CSVR
         TIMECON  50
       &END CSVR
     &END THERMOSTAT
   &END MD
&END MOTION
&FORCE_EVAL
   METHOD  QS
   &DFT
     BASIS_SET_FILE_NAME  $BASIS_MOLOPT_DIR
     BASIS_SET_FILE_NAME  $BASIS_SET_DIR
     CHARGE  0
     POTENTIAL_FILE_NAME  $POTENTIAL_DIR
    &MGRID
      CUTOFF  300
      REL_CUTOFF  60
    &END MGRID
    &QS
      EPS_DEFAULT  1.0E-12
      WF_INTERPOLATION  PS
      EXTRAPOLATION_ORDER  3
    &END QS
    &SCF
      SCF_GUESS  ATOMIC
      &OT  ON
        MINIMIZER CG
      &END OT
      &PRINT
        &RESTART  OFF
        &END
      &END
    &END SCF
    &XC
      &XC_FUNCTIONAL  BLYP
      &END XC_FUNCTIONAL
      &VDW_POTENTIAL
         POTENTIAL_TYPE PAIR_POTENTIAL
         &PAIR_POTENTIAL
            TYPE DFTD3
            REFERENCE_FUNCTIONAL BLYP
            PARAMETER_FILE_NAME dftd3.dat
            R_CUTOFF 15
         &END
      &END
    &END XC
   &END DFT
   &SUBSYS
    &CELL
      ABC 32 37 25
    &END CELL
    &COORD
...
    &END COORD
    &KIND H
      BASIS_SET SZV-MOLOPT-SR-GTH
      POTENTIAL GTH-BLYP-q1
    &END KIND
    &KIND O                 
      BASIS_SET SZV-MOLOPT-SR-GTH
      POTENTIAL GTH-BLYP-q6
    &END KIND               
    &KIND C                 
      BASIS_SET SZV-MOLOPT-SR-GTH
      POTENTIAL GTH-BLYP-q4
    &END KIND               
    &KIND N               
      BASIS_SET SZV-MOLOPT-SR-GTH
      POTENTIAL GTH-BLYP-q5
    &END KIND              
   &END SUBSYS
&END FORCE_EVAL

幻七熏

可能是MINIMIZER选得不太好，尝试DIIS，CG跑的很慢

amagi

幻七熏 发表于 2018-10-17 09:53
可能是MINIMIZER选得不太好，尝试DIIS，CG跑的很慢

谢谢回复！改成DIIS和0.5的cutoff后跑了90几步还是卡住了:(

啦啦黑还黑

time step不合理，O-H的振动频率很大，一般0.5 fs或者更小

幻七熏

amagi 发表于 2018-10-17 14:50
谢谢回复！改成DIIS和0.5的cutoff后跑了90几步还是卡住了:(

可能你的结构变得很差；能量不容易收敛的话用CG结合LINESEARCH项可以试试

amagi

啦啦黑还黑 发表于 2018-10-17 17:09
time step不合理，O-H的振动频率很大，一般0.5 fs或者更小

谢谢回复，你和我老板说的一样，我设了0.5还是会卡住，现在正在尝试0.3的timestep

amagi

啊还有一点就是不加溶剂时候是可以一直跑下去的

amagi

幻七熏 发表于 2018-10-17 18:54
可能你的结构变得很差；能量不容易收敛的话用CG结合LINESEARCH项可以试试

您说的LINESEARCH是CP2K_INPUT / FORCE_EVAL / DFT / LS_SCF / PAO / LINE_SEARCH吗

幻七熏

amagi 发表于 2018-10-17 19:48
您说的LINESEARCH是CP2K_INPUT / FORCE_EVAL / DFT / LS_SCF / PAO / LINE_SEARCH吗

就是在OT的菜单里，OT里面有很多设置，CG一般是结合LINESEARCH设置的，我的经验是，convgence如果一直不容易收敛的话DIIS可以解决；如果能量不易收敛的话可以试试CG
      

k64_cc

你要用周期性吗？看起来盒子的设置比你描述的小分子周围6A要大啊…你确定不要换种方式做盒子？

CG的准确性可能会有问题，我之前跑非周期性有机分子的时候CG会比DIIS高0.5 Hartree，动力学也不大对，但是研究水溶液的时候结果就基本没差别。总之用之前还是要跑个测试为好。另外有机体系的CUTOFF也可以测一下要多少才能收敛，虽然就算不收敛也得用400，不然跑不动……

另外你也没说是在哪卡住了，至少贴一下log最后一百行嘛。

amagi

k64_cc 发表于 2018-10-18 10:48
你要用周期性吗？看起来盒子的设置比你描述的小分子周围6A要大啊…你确定不要换种方式做盒子？

CG的准确 ...

感谢回复！
卡住的地方是ENERGY| Total FORCE_EVAL ( QS ) energy (a.u.)这行，程序会继续运行，但从这就没有输出了，也没有报错；
可能是我描述不够准确，我的小分子其实有将近100个原子还是个长链，有机溶剂是DMF所以盒子就变成这么大了；
现在改用了DIIS和0.5的timestep后就可以一直输出了，旧文件被覆盖掉什么没有了。。
周期性我忘记考虑了，不知道结果影响大不大。

k64_cc

amagi 发表于 2018-10-19 09:26
感谢回复！
卡住的地方是ENERGY| Total FORCE_EVAL ( QS ) energy (a.u.)这行，程序会继续运行，但从这 ...

默认是有的，你要是体系带溶剂，那按理说应该是有周期性的。放心跑就好。