求助：高斯计算带溶剂的关键词设置和gmx时候npt后盒子边长扩大了50多倍。

gezihyg

sob老师您好，我使用GROMACS对小分子进行分子印记模拟计算，建立小分子top文件时候计算电荷想要使用Multiwfn,在使用高斯进行计算得chk的时候，关键词用# B3LYP/6-31G**em=GD3BJ opt ,我的反应实在乙腈比丙酮比例为9：1的溶剂中进行的，请问sob老师，这种情况，我的小分子和溶剂进行计算的时候的scrf=solvent部分应该怎么写，小分子的溶剂部分可以表述为比例形式么？我的两种溶剂分子的这部分又该如何写呢？
2  .  我的体系是只含有C/H/O/N的体系，含有1410个原子。209个分子，很小的体系，我把边长设置为2或者3nm，在能量最小化的时候，会报错ERROR: The cut-off length is longer than half the shortest box vector or longer than the smallest box diagonal element.increase the box size or decreace rlist.我的rlist数值是1（尝试把rlist改为0.5，也还是报同样的错）我把边长增加到4的时候不会再报错但是我的盒子里面就会很空，一千多个原子根本填充不满，我的反应物还有溶剂的数量全部都是按照一定比例放置的（不知道是否可以把现在的体系增加为现在的双倍盒子变长不变？从而使盒子变满，这样是否属于周期性，并不是周期的盒子，而是加倍了盒子里的分子。）并且边长是4的话最后最后一步md的时候就会报错内存不足，Fatal error:
Not enough memory. Failed to allocate 3645153819 aligned elements of size 4 for grid->grid
(called from file /build/gromacs-z6bPBg/gromacs-5.1.2/src/gromacs/ewald/pme-grid.cpp, line 569)
我用的虚拟机，分配了8G的运行内存，感觉按道理不应该会内存不足，尝试在别人的服务器上进行mdrun,可以跑起来。
我的体系反应温度是333k,实际反应中溶液会慢慢凝固成固体。我npt以后，我的盒子变长由4变成了228点多。我npt的时候是限制了我的分子的，限制值是3000，3000，3000.请问sob老师，这种情况应该怎么办呢。还请sob老师指导。

sobereva

溶剂对一般分子结构的优化影响很小，你就用隐式溶剂模型表现乙腈就行了，要再讲究点就用混合溶剂表现9:1，怎么做这里说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327

增加分子数，还保持相应的比例填满盒子就完了。分子数目多的话，模拟的统计误差也会减小。

确保mdp参数合理，查不出毛病就尝试用gmx2016或最新的2018
8GB内存绝对够

最后一个问题我弄不清楚你的情况

gezihyg

非常感谢sob老师回复。受益匪浅。抱歉我最后一个问题表述的不是特别清楚。我模拟了一个印迹反应，该反应实际是在333k温度下反应24小时，24小时内反应由液态变成了固态。我在npt的时候，发现我盒子的边长由4nm变成了228.6nm,vmd查看了体系，原子相对于边长为4的盒子来说npt以后稍微有些散开但是散的并不严重，但是盒子边长扩大了五六十倍，提取压力和密度的xvg文件后发现压力和密度急剧降低很靠近0，想请教sob老师，像这种体系会从液态转变为固态的情况，在npt的时候对压力参数的设置是不是有特殊的要求，我的参考压力设置的还是1。并且实际反应需要24小时的情况，这个实际的反应时间这么长对模拟是否会有影响?这种情况应该怎么矫正密度，这种情况不能求平均后矫正吧？真诚感谢sob老师指导，另外祝sob老师中秋节快乐。

sobereva

gezihyg 发表于 2018-9-23 12:21
非常感谢sob老师回复。受益匪浅。抱歉我最后一个问题表述的不是特别清楚。我模拟了一个印迹反应，该反应实 ...

光从这些描述上我也不好说，压力设置应当不用修改，按理说也不应该尺寸变得这么夸张