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[GROMACS] 在模拟表面张力时将coulombtype设置成PME形式,出现这种错误

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在模拟表面张力时最小化中的coulombtype设成PME就出现下面的错误,设置成反应场就不会有这样的错误,我使用的时ammber力场,mdp文件应该怎么改才可以使用PME

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发表于 Post on 2018-8-6 05:40:48 | 只看该作者 Only view this author
这是警告,不是错误
当前警告并不影响你的正常运行。警告的意思是你当前体系里原子电荷都为0,实际上本来就不需要计算静电相互作用,从时用PME方式来计算更是很浪费时间,所以可以用更便宜的cutoff方式来名义上计算静电相互作用
如果你的体系中原子电荷其实并不应当都为0,那么这也暗示了你的拓扑文件在设定原子电荷的地方可能存在明显错误
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-8-6 16:39:44 | 只看该作者 Only view this author
出现这种警告后是不能继续运行的,而且之前在mdp文件静电作用使用的是反应场,您说使用PME来算是最好的

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发表于 Post on 2018-8-7 04:38:59 | 只看该作者 Only view this author
shanxitaiyuan 发表于 2018-8-6 16:39
出现这种警告后是不能继续运行的,而且之前在mdp文件静电作用使用的是反应场,您说使用PME来算是最好的


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