gromacs中求取向（角度）与时间之间的关系问题

虔诚的人

请问各位老师，我想求一个溶剂分子与溶质（平面）的取向-----角度与时间之间的关系怎么求？
       我是这么求的：首先选择一个分子，并使用的gmx sorient -f conf.gro 求它与溶质的cos theta。

       遇到的问题时，一个溶剂分子在某一时刻与溶质的夹角肯定是确定的一个值，但是我得到的theta.xvg是波动很大的曲线。
       请问这是为什么？还有什么方法可以解决这个问题？还有什么方法能够做角度--时间曲线？
拜托各位！
大家不吝赐教！