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[GROMACS] 消除体系转动和平动问题

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楼主
gmx模拟蛋白-配体复合物,在用 trjconv -fit rot+trans 选项消除体系的平动和 转动时,
其中least square fit 组是选 Protein还是选Protein_lig为好?谢谢!


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发表于 Post on 2018-6-21 16:25:21 | 只看该作者 Only view this author
注意求助帖应当在帖子标题末尾体现出提问、求助(见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html),给你改了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2018-6-21 16:26:30 | 只看该作者 Only view this author
如果没有特殊情况,用Protein_lig
如果是诸如考察配体相对于蛋白质的结构波动等情况,那就应该只对蛋白质align
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-6-21 16:45:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-6-21 16:26
如果没有特殊情况,用Protein_lig
如果是诸如考察配体相对于蛋白质的结构波动等情况,那就应该只对蛋白质a ...

好的,谢谢。

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