GNX MD快照轉PDB 部分結構座標偏移的問題(已解決)

HarrisLin · 发表于 Post on 2018-6-1 13:49:57

本帖最后由 HarrisLin 于 2018-6-1 16:50 编辑

解決方式

gmx trjconv -s md.tpr -f md_noPBC.xtc -o protein.pdb -sep -skip 1 -dt 66666 -pbc mol

各位前輩好
因為實驗需要打算將蛋白-配體複合體用GROMACS跑完MD後截快照來分析結構上和作用力的變化
打算透過抽取快照→轉pdb拿到Discovery Studtio上分析的方式進行

參考一些網路上相關的文章後使用的指令如下
gmx trjconv -s md.tpr -f md_noPBC.xtc -o Protein_200ns.gro -sep -skip 1 -dt 100000
gmx editconf -f Protein.gro -o CCR5_MAV_200ns.pdb -pbc no

首先從no PBC的軌跡中抽出了所要時間的快照
然後用editconf的方式轉換為PDB格式
但是轉換後的結構使用Discovery Studio或是Maesto開啟
都會出現複合體部分結構直接拉長平行位移的狀況(類似下圖)
想請問我是否使用的指令有誤或是有更好的辦法
謝謝

somniferum · 发表于 Post on 2018-6-1 15:49:17

。。。应该是-pbc mol吧。。。

HarrisLin · 发表于 Post on 2018-6-1 16:36:20

本帖最后由 HarrisLin 于 2018-6-1 16:47 编辑

somniferum 发表于 2018-6-1 15:49
。。。应该是-pbc mol吧。。。

謝謝試了一下檢查了一下發現指令也用錯了問題解決了等等補在一樓

lonemen · 发表于 Post on 2018-6-5 09:03:10

顺便学习了，谢谢分享！

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[GROMACS] GNX MD快照轉PDB 部分結構座標偏移的問題(已解決)

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