跑npt报错：The domain decomposition grid has shifted too much

鱼叉君

体系：400个正己醇、100个氯离子、50个铜离子
力场：Cu、Cl离子力场用的是 oplsaa.ff/ions.itp  ，正己醇信息来自于amber力场，分子间为 oplsaa.ff/forcefield.itp
操作：
insert-molecular 把粒子都放进去，盒子大小设定为8 8 8 ，能量最小化之后，跑nvt，步长为2fs，跑100000步（0.2ns）  正常结束，然后跑npt的时候，跑1万步就会报错停止：Step 11840: The domain decomposition grid has shifted too much in the Y-direction around cell 1 5 1. This should not have happened. Running with fewer ranks might avoid this issue.
把nvt的轨迹拿出来看了下，发现粒子都跑到一起去了，感觉不太合理。然后npt的轨迹看了下，盒子一开始就收缩了，然后就报错，想问下这需要改什么地方呢？谢谢大家！~

sobereva

跑到两边去是因为一开始你的盒子太大，填的分子太少，导致形成凝聚状态之后，真空区域太大。

没必要一开始跑NVT，直接跑NPT就完了
模拟前期如果不稳定，先用1fs小步长跑，跑稳定了再改成2fs
初始盒子可以小点。