关于gromacs中控制文件中nstcomm和comm-grps的问题

虔诚的人 · 发表于 Post on 2018-5-23 10:36:26

今天尝试做gromacs教程中的umbrella采样模拟，对mdp文件存在疑惑。; These options remove COM motion of the systemnstcomm          = 10       ; frequency for center of mass motion removal
comm-mode    = Linear    ; Remove center of mass translation
comm-grps       = System ; group(s) for center of mass motion removal, default is the whole system
想请问一下各位老师、朋友，在拉伸过程中这样设置的原因是什么？
ps：分别是：质心移动的输出频率？移除质心的转动？质心为整个系统？----也就是控制在拉的过程中整个系统的质心不发生转动？

sobereva · 发表于 Post on 2018-5-23 12:24:23

这个跟伞状采样没有直接关系，即便是一般的模拟也是这样设的
周期性模拟过程中，由于计算非键相互作用会有一定数值误差，可能导致MD过程中体系有本不该出现的整体平移现象，当前设定可以消除这个问题。（也有别的情况，看具体体系）

虔诚的人 · 发表于 Post on 2018-5-23 20:29:39

sobereva 发表于 2018-5-23 12:24
这个跟伞状采样没有直接关系，即便是一般的模拟也是这样设的
周期性模拟过程中，由于计算非键相互作用会有 ...

谢谢sob老师

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