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[GROMACS] 在模拟扩散系数时,建了5*5*5的盒子 填进72个正庚烷分子 108个接下来nvt跑了15000

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在模拟扩散系数时,建了5*5*5的file:///d:\Documents\Tencent Files\972306878\Image\C2C\296265DB90D5CD965562DE289622490A.jpg盒子 填进72个正庚烷分子 108个十二烷分子,接下来nvt跑了15000步,最小化没问题,nvt跑完后出现真空区,还有一些分子在外面这是什么原因

file:///d:\Documents\Tencent Files\972306878\Image\C2C\296265DB90D5CD965562DE289622490A.jpg


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发表于 Post on 2018-5-18 17:20:00 | 只看该作者 Only view this author
这个是周期性边界条件的原因,你多显示几个盒子就可以看到这些分子已经聚集了。

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发表于 Post on 2018-5-18 23:15:53 | 只看该作者 Only view this author
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-21 09:09:18 | 只看该作者 Only view this author
shx 发表于 2018-5-18 17:20
这个是周期性边界条件的原因,你多显示几个盒子就可以看到这些分子已经聚集了。

我只建了一个盒子,怎么显示多个盒子呢 命令怎么输

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发表于 Post on 2018-5-23 18:39:30 | 只看该作者 Only view this author
VMD里可以显示多个镜像

再次提醒:
注意恰当命名标题
http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html

编辑帖子可以改标题
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