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[GROMACS] 求助使用gmx rdf计算的径向分布函数最后不趋近于1

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各位老师好,我的体系是一个立方体的盒子,边长为3.8×3.5×6,然后体系中有6层的COF和8个Hgcl2,剩余用水分子填满,体系中有72个S和8个Hg,总原子数为7461,然后我现在对跑的轨迹进行分析,我设想的是Hg会和COF骨架中的-SCH3中的S原子作用,所以我考虑想通过径向分布函数还证明。但是我使用gmx rdf得到的Hg-S之间的RDF,不仅最后不会趋近于1,而且感觉变化趋势也怪怪的,我尝试用vmd,但是结果也类似。想请教各位老师,我的RDF图是否是错误的,或者想得到Hg和S之间存在作用可以用其他更好地方式去验证吗?

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发表于 Post on yesterday 06:32 | 只看该作者 Only view this author
根本没必要强行要求收敛到1,对于判断是否存在较近距离的Hg...S的接触,直接看rdf相应距离有没有峰就够了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on yesterday 10:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-21 06:32
根本没必要强行要求收敛到1,对于判断是否存在较近距离的Hg...S的接触,直接看rdf相应距离有没有峰就够了

好的,社长。我去看来一下发现RDF第一个峰对应的distance为0.33nm,而高斯中Hg-S键键长大约为0.25nm,那是不是说明其实Hg和S之间并没有成键呀,但是RDF中存在的峰能说明Hg和S之间存在比较强的相互作用吗

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发表于 Post on 12 hour ago | 只看该作者 Only view this author
。。。 发表于 2025-8-21 10:52
好的,社长。我去看来一下发现RDF第一个峰对应的distance为0.33nm,而高斯中Hg-S键键长大约为0.25nm,那是 ...

“高斯中Hg-S键键长”语义不明,Gaussian程序又不会直接对应于一个键长,键长依赖于优化用的级别、具体体系

如果Hg会和S形成化学键,记住gromacs不支持反应力场,没法描述化学键的形成,要在动力学过程中描述Hg-S键生成的可能性建议用CP2K跑AIMD
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