如何使用gmx_MMPBSA计算复合物的TΔS？

一个梨

各位老师好，我的体系是蛋白配体复合物，正在使用gmx_mmpbsa计算复合物的T∆S，从而计算总结合自由能。官网给出的例子是用C2 entropy计算T∆S，我想问一下使用gmx_mmpbsa计算T∆S必须用C2 entropy进行吗？是否可以用其他的选项，比如interaction entropy及qh_entropy进行？

student0618

gmx_MMPBSA 官网搜一下entropy就有normal mode 和interaction entropy的示例哦。

一个梨

student0618 发表于 2024-10-2 16:21
gmx_MMPBSA 官网搜一下entropy就有normal mode 和interaction entropy的示例哦。

老师，我在进行nmode的计算时出现这样的报错，这是什么原因呢？
下面是我mmpbsa.in文件的内容，谢谢您

student0618

我很少用这个也通常都没算entropy contribution。不过我Google了一下你贴的报错，最后一行是否FATAL: allocation failure in vector ()？
https://groups.google.com/g/gmx_mmpbsa/c/RDCC32xtJ_o
这回帖指是因为内存不足，可尝试只用一个cpu算或增加内存。