求助gromacs计算扩散系数并计算出斜率

letty · 发表于 Post on 2020-4-21 11:50:02

本帖最后由 letty 于 2020-4-21 11:51 编辑

请问各位老师，在计算扩散系数gmx msd时，遇到图片的情况，找了相关资料说是计算斜率呢，具体如何计算出扩散系数呢？
另外一个问题是到底是选择MD后来计算还是NPT后来计算好一些呢？

SpongeBob · 发表于 Post on 2020-4-21 13:37:08

扩散系数由MSD的线性回归确定, 不同于D正常的输出, 时间是根据参考点的数目进行加权的, 即, 短的时间权重较高. 此外, 当

SpongeBob · 发表于 Post on 2020-4-21 13:39:22

为什么只能回复一半

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-21 17:50:38

SpongeBob 发表于 2020-4-21 13:39
为什么只能回复一半

没完整法出来时不要重复发帖，应当直接在原帖上编辑
注意检查发出来的信息有没有什么诡异的字符，有论坛处理不了的字符时后面的内容会被抹掉

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-21 18:02:07

NPT模拟本来就属于MD，你的问题莫名其妙。或许你想说的是MD是指在NVT下的MD模拟
gmx msd直接就给你扩散系数，唯一需要关心的是拟合的区间，必须对应MSD曲线平直的部分，通过-beginfit和-endfit来设

letty · 发表于 Post on 2020-4-21 22:12:34

sobereva 发表于 2020-4-21 18:02
NPT模拟本来就属于MD，你的问题莫名其妙。或许你想说的是MD是指在NVT下的MD模拟
gmx msd直接就给你扩散系 ...

谢谢老师的帮助

莫落 · 发表于 Post on 2025-4-16 16:25:32

sobereva 发表于 2020-4-21 18:02
NPT模拟本来就属于MD，你的问题莫名其妙。或许你想说的是MD是指在NVT下的MD模拟
gmx msd直接就给你扩散系 ...

请问sob老师，我在用gmx msd计算扩散系数时，审稿人说beta值应该给出（the beta values ( ) should be reported ），这个beta值是指gmx计算出来的值后面的误差吗？

sobereva · 发表于 Post on 2025-4-17 14:58:47

莫落发表于 2025-4-16 16:25
请问sob老师，我在用gmx msd计算扩散系数时，审稿人说beta值应该给出（the beta values ( ) should be r ...

光你的描述上没法判断指的是什么

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