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[综合交流] 哪里能下载到提取轨迹文件的脚本?

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请问各位前辈,哪里能下载到提取轨迹文件的脚本,谢谢

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发表于 Post on 2018-12-25 10:39:34 | 只看该作者 Only view this author
问问题时候表达清楚
在网上求助计算化学问题时的注意事项
http://sobereva.com/79

什么程序的轨迹、按照什么规则提取,这些重点要素都没体现出来
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-25 11:16:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-12-25 10:39
问问题时候表达清楚
在网上求助计算化学问题时的注意事项
http://sobereva.com/79

不好意思,以为在模块下会自动分类的,求助material studio中提取轨迹文件的Perl脚本,谢谢

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发表于 Post on 2018-12-25 11:27:25 | 只看该作者 Only view this author
将Material Studio的xtd轨迹文件导出为xyz轨迹文件的方法
http://sobereva.com/143
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-25 13:47:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-12-25 11:27
将Material Studio的xtd轨迹文件导出为xyz轨迹文件的方法
http://sobereva.com/143

老师,您好,请问这个脚本生成的轨迹文件可以用MS打开吗,或者怎么生成可以用MS可以打开的轨迹文件, 我跑完生成的文件打开是
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这个对吗

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发表于 Post on 2018-12-26 00:19:16 | 只看该作者 Only view this author
songjingfu 发表于 2018-12-25 13:47
老师,您好,请问这个脚本生成的轨迹文件可以用MS打开吗,或者怎么生成可以用MS可以打开的轨迹文件, 我 ...

xyz轨迹用VMD打开,比用M$看轨迹强百倍

既然轨迹都是M$跑的,直接用M$看不就行了,干嘛还提取?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-26 10:27:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-12-26 00:19
xyz轨迹用VMD打开,比用M$看轨迹强百倍

既然轨迹都是M$跑的,直接用M$看不就行了,干嘛还提取?

老师您好,我是要分析某一个动力学过程体系中其中一部分原子的能量变化,请问需要提取轨迹吗还是有别的方法,刚刚接触不是太懂,谢谢

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发表于 Post on 2018-12-27 07:15:19 | 只看该作者 Only view this author
songjingfu 发表于 2018-12-26 10:27
老师您好,我是要分析某一个动力学过程体系中其中一部分原子的能量变化,请问需要提取轨迹吗还是有别的方 ...

这根本不是光提取轨迹就完了,还得想办法把能量信息导出来
你得自己研究M$的脚本功能,得写perl脚本才能导出。M$这种高度商业化、封闭的程序极其不灵活,像这种问题用gromacs等模拟程序都有现成的工具
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-12-27 09:04:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-12-27 07:15
这根本不是光提取轨迹就完了,还得想办法把能量信息导出来
你得自己研究M$的脚本功能,得写perl脚本才能 ...

好的,谢谢老师指点

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