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[GROMACS] 相平衡下水蒸气密度问题

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楼主
想询问一下,目前由于想测量tip4p_ice表面张力
系统设置是按照本篇论文(DOI:10.1063 / 1.2715577):1024个水,Lx = Ly = 3nm且Lz = 10nm,water slab放置在box中间,然後300K run NVT ensemble

不过我有个疑问,论文里有提到会气液分离,并且有测定气液二相个别密度
但是我翻遍手册都没找到单独测量气体或液体密度的指令
我原本想利用c ++ coding去判定有几颗水离开液体层,将之视为气体,然后再转换为密度
但是我看论文的气体密度小到系统真空部分连1颗水都没有

请问要怎么计算个别相的密度呢?

谢谢




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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-27 20:07:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-27 17:58
要考察水蒸气密度,你用的盒子必须非常大才行,而且还得对时间平均,要不然统计误差大到完全不可接受

而 ...

老师好,我明白了。谢谢你

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发表于 Post on 2018-1-27 17:58:42 | 只看该作者 Only view this author
要考察水蒸气密度,你用的盒子必须非常大才行,而且还得对时间平均,要不然统计误差大到完全不可接受

而且还要注意界面部分的考虑,水在表面的密度和体相不同。有个对界面划分的问题

用gmx自带的density命令可以得到垂直于界面不同位置的水的密度曲线,可以之后自行处理,对指定空间区域取平均。
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