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[综合交流] 求助:模拟凝胶的力场选择问题与文献求助

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楼主
想请教一下大家,在GROMACS中模拟有机分子自组装形成水凝胶选择哪种力场最佳?如果可以各位老师能否推荐一些文献?谢谢各位老师。

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发表于 Post on yesterday 03:07 | 只看该作者 Only view this author
oillio 发表于 2025-8-20 10:46
老师,那么请问如果自组装体系中涉及水的话,除了opc水模型,用spce水模型可以吗?

可以
本身此时水就是用来体现外环境而已,不需要对水的性质本身描述得多精确,SPC/E通常足矣
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 前天 10:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-19 08:00
普通有机分子建议默认用GAFF或GAFF2,非常流行,描述质量好,与之兼容的其它力场非常多,而且用http://sobe ...

老师,那么请问如果自组装体系中涉及水的话,除了opc水模型,用spce水模型可以吗?

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发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
普通有机分子建议默认用GAFF或GAFF2,非常流行,描述质量好,与之兼容的其它力场非常多,而且用http://sobereva.com/soft/Sobtop创建拓扑文件非常方便,而且有标配、易于计算的原子电荷计算模型RESP/RESP2(0.5):
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 4 day ago | 只看该作者 Only view this author
一般有机物GAFF/GAFF2就行了,电荷RESP/RESP2(0.5),用sobtop或AutoFF一会儿就弄好了。
自在飞花轻似梦,无边丝雨细如愁。

全自动反应动力学(ReaxFF、AIMD、NEP等)后处理工具网页版:http://cc-portal.xyz/reax_tools

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