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[Amber] Amber的电荷的问题

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各位大神:
     想向大家请教一下啊,amber里面只能用resp和bcc计算的电荷么,可否把用其它方法计算的电荷写进去,比方说Hirshfield电荷?

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发表于 Post on 2017-9-25 08:35:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-22 15:53
水的介电常数是78
蛋白质不好说,和蛋白质特征有关系。不讲究的话,设4完了

明白了,所以说算结合自由能的话跟小分子的电荷还是有很大的关系的。
这个得看具体的体系进行具体分析

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发表于 Post on 2017-9-22 15:53:00 | 只看该作者 Only view this author
syjohn 发表于 2017-9-22 00:08
我有个问题需要明确下
MD模拟的情况下,大部分小分子是处于蛋白环境,那拟合电荷的时候,DFT计算的隐式 ...

水的介电常数是78
蛋白质不好说,和蛋白质特征有关系。不讲究的话,设4完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-9-22 00:08:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-20 11:36
HF在气相下计算会高估20%左右偶极矩,这正巧可以近似表现在实际水溶液中溶质被极化效果
而DFT没有高估 ...

我有个问题需要明确下
MD模拟的情况下,大部分小分子是处于蛋白环境,那拟合电荷的时候,DFT计算的隐式溶剂模型的介电常数设置为多少合适呢,我记得水是4,而蛋白环境貌似高点???

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发表于 Post on 2017-9-20 23:29:29 | 只看该作者 Only view this author
kjxwl3 发表于 2017-9-20 22:23
如果是post-hf的话,比如mp2,也还是得用隐式溶剂化模型吧。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-20 22:23:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-20 11:36
HF在气相下计算会高估20%左右偶极矩,这正巧可以近似表现在实际水溶液中溶质被极化效果
而DFT没有高估 ...

如果是post-hf的话,比如mp2,也还是得用隐式溶剂化模型吧。

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发表于 Post on 2017-9-20 11:36:51 | 只看该作者 Only view this author
kjxwl3 发表于 2017-9-20 00:11
这个有什么原因么,为什么HF一定要在气相下做,而DFT必须得用隐式溶剂化模型。


HF在气相下计算会高估20%左右偶极矩,这正巧可以近似表现在实际水溶液中溶质被极化效果
而DFT没有高估现象,必须结合隐式溶剂模型,算出来的电荷才能实际反应水当中溶质电荷被极化

固定电荷模型注定没法对于在极性和非极性溶剂下的情况都描述好,除非你用可极化力场。如果注定要用固定电荷模型,那DFT+SCRF计算时候干脆把溶剂属性取水和氯仿的平均。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-20 00:11:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-19 21:14
如果你要用于水溶液下模拟,用HF必须在气相下做,用DFT必须在隐式溶剂模型下做,后者原理上更合理,后 ...

这个有什么原因么,为什么HF一定要在气相下做,而DFT必须得用隐式溶剂化模型。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-20 00:10:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-19 21:14
如果你要用于水溶液下模拟,用HF必须在气相下做,用DFT必须在隐式溶剂模型下做,后者原理上更合理,后 ...

难怪我之前的DFT的结果总是不好,我是模拟水溶液的MD,电荷都是采用气相的DFT得到的。现在我模拟的是界面问题,有两相,一相是水,另一相是氯仿,该怎么选择隐式溶剂。

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发表于 Post on 2017-9-19 21:14:04 | 只看该作者 Only view this author
kjxwl3 发表于 2017-9-19 15:52
那这个RESP使用DFT的还是HF的,我感觉HF模拟出来的结果更加靠谱些,DFT的定性都不对。

如果你要用于水溶液下模拟,用HF必须在气相下做,用DFT必须在隐式溶剂模型下做,后者原理上更合理,后期的amber力场都是后者的做法

2019-May-15补充:关于RESP适合的计算级别问题,在此文里有详述
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-19 15:52:31 | 只看该作者 Only view this author

那这个RESP使用DFT的还是HF的,我感觉HF模拟出来的结果更加靠谱些,DFT的定性都不对。

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发表于 Post on 2017-9-19 09:47:19 | 只看该作者 Only view this author
kjxwl3 发表于 2017-9-18 23:41
我现在也做了其它的一些配体,发现am1-bcc计算的电荷值往往会比resp更负。很难以得知哪个电荷的结果会更 ...

原理上RESP更好
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-18 23:41:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-21 01:27
虽然AM1-BCC的初衷是RESP的近似,但结果不一定比RESP差。你的结果一定程度说明这一点,但也有可能是与其 ...

我现在也做了其它的一些配体,发现am1-bcc计算的电荷值往往会比resp更负。很难以得知哪个电荷的结果会更好。

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发表于 Post on 2017-3-21 14:52:18 | 只看该作者 Only view this author
kjxwl3 发表于 2017-3-21 10:59
谢谢sob老师!我用Multiwfn算了ADCH的电荷,打算试试这个电荷的效果,直接把这个电荷粘贴到mol2文件里面 ...

不用管这个。而且mol2里面也并不记录原子电荷。你需要改的是力场的库文件中的电荷值,比如amber就是小分子的prepin文件,gromacs就是小分子的itp文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-3-21 10:59:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-21 00:33
仔细看我的那篇文章,里面第7节给了个表,很清楚地说表明了不同原子电荷对静电势的重现性,显然NPA不能用 ...

谢谢sob老师!我用Multiwfn算了ADCH的电荷,打算试试这个电荷的效果,直接把这个电荷粘贴到mol2文件里面去,之前是bcc的,在mol2文件里面有一个电荷标记:
@<TRIPOS>MOLECULE
CRO
   48    48     1     0     0
SMALL
bcc
这里它是bcc的标记,会不会有问题?我直接把我的电荷写入进去,应该没有问题,因为电荷项的计算公式肯定是没有变的,不会管是bcc还是resp。

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