求助：gmx mdrun -deffnm nvt过程中报错，蛋白配体复合物的配体解体

liweichai

Windows电脑的WSL2上安装的Gromacs 2025.1版本，同时CUDA Version: 12.8。
运行到gmx mdrun -deffnm nvt这一步时报错：
step 134: One or more water molecules can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Segmentation fault (core dumped)
同时发现这一步中配体解体了，有几个原子跑到盒子外面去了。
并且每一步都有LINCS WARNING：
relative constraint deviation after LINCS:
rms 1.204214, max 44.031361 (between atoms 5235 and 5203)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
   5217   5216   41.7    0.0964   0.0964      0.0964
   5223   5195   90.0    0.2997   0.2163      0.1095
   5221   5194   90.0    0.2440   1.8139      0.1094
   5222   5194   90.0    4.9594   4.3726      0.1090
   5234   5203   90.0    0.2812   0.1722      0.1082
   5235   5203  129.0    6.1024   4.8873      0.1085
   5236   5203   90.0    0.4637   0.4655      0.1089
   5231   5201   36.2    0.1090   0.1089      0.1090
   5210   5209   90.0    0.1589   0.5669      0.0969
想请教一下如何解决这个问题。

liweichai

sobereva 发表于 2025-4-23 21:18
老生常谈的问题http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

谢谢老师。

sobereva

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