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[Amber] 求助利用AmberTools构建5500碱基对的DNA三维模型,以及NAB的报错问题

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楼主
各位老师好,刚学习Amber这个软件,所有的东西都不是很懂,我是在CentOS系统下利用Anaconda安装的ambertools22,想利用其构建一个5500碱基对的环状DNA模型,该如何进行。此外,简单的线性模型根据“几种基于核酸序列构建三维结构的工具”文章里面提到的NAB方法可以构建,但是长的线性结构就会显示“Reading parm file (tprmtop)   Error: EOF when searching for tprmtop”报错,应该如何解决。希望各位老师给予一些指导,十分感谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-16 09:35:19 | 只看该作者 Only view this author
谢谢老师!

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发表于 Post on 2025-4-16 04:31:06 | 只看该作者 Only view this author
尝试我博文里其它方法,以及可以尝试alphafold3
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2025-4-16 04:28:24 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “AmberTools构建DNA三维模型” 改了,以后务必注意!
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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