生产模拟时报错ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm

人生若只如初见

各位老师好，我现在有一个体系，使用NAMD程序运行，前面的平衡模拟正常运行，没有任何报错，但是当我转入生产模拟的时候，我的体系总是提示一下错误，想麻烦问问各位老师有没有什么好的办法
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 144!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 110!
ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
FATAL ERROR: Exiting prematurely; see error messages above.
[Partition 0][Node 0] End of program

然后以下是我的conf文件
structure              finalhex.psf
coordinates            finalhex.pdb

set continue           Sta1-Equil
binCoordinates         $continue.coor
binVelocities          $continue.vel
extendedSystem         $continue.xsc
seed                   31415926
set desired_temp       300
set outputname         Sta2-Equil

firsttimestep          14050000
paraTypeCharmm         on
parameters             par_all36m_prot.prm
parameters             toppar_water_ions.str
parameters             par_silicon_ions_NEW5.inp

exclude                scaled1-4
1-4scaling             1.0
cutoff                 12.0
switching              on
vdwForceSwitching      yes
switchdist             10.0
pairlistdist           14.0
margin                 5


timestep               2.0
nonbondedFreq          1
fullElectFrequency     1
stepspercycle          20

cellBasisVector1        50.873     0.0           0.0
cellBasisVector2        0.0        50.139        0.0
cellBasisVector3        0.0        0.0           50.55
cellOrigin              -0.2560    0.1125        0.0333

wrapAll                on
wrapWater              on
wrapNearest            on

rigidBonds             all


PME                    yes
PMEGridSpacing         1.0

outputName             $outputname

restartfreq            4000    ;# 4000steps = every 4ps
dcdfreq                4000
xstFreq                4000
outputEnergies         200
outputPressure         200

langevin               on
langevinDamping        1.0
langevinTemp           $desired_temp
langevinHydrogen       off     ;# don't couple langevin bath to hydrogens

useGroupPressure       yes     ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell        no      ;# yes for anisotropic system like membrane
useConstantArea        no
langevinPiston         on
langevinPistonTarget   1.01325 ;# in bar -> 1 atm = 1.01325bar
langevinPistonPeriod   50.0    ;# oscillation period in fs. correspond to pgamma T=50fs=0.05ps;f=1/T=20.0(pgamma)
langevinPistonDecay    25.0    ;# oscillation decay time.Equall or smaller than piston period.
langevinPistonTemp     $desired_temp

minimize               50000  
run                    250000000

CUIGH

问题很多啊
第一，既然前面有平衡模拟了，为什么最后会有minimize，直接续着跑就好了
第二，firsttimestep是为了接着断掉的模拟，但你是一个平衡后正式开始跑，为什么不设置为0
第三，.xsc里面你包含平衡过程（我默认成恒压平衡）的周期性边界条件，就没必要写下面的周期性边条件了，这俩可能冲突了
第四，平衡过程一般是恒压平衡（NPT），最后正式一般是NVT，你这里又加了控压条件，我不知道是否会对你的结果产生影响，还是你就想要在NPT下出结果
第五，这个报错问题在正常模拟中一般是因为1、固定了两个原子，且这两个原子距离太近（导致范德华力爆炸）；2、或者有键连接的两个原子相距过远（键能爆炸）
第六，如果是上述第一个问题，建模的时候把距离调大一点
第七，如果是上述第二个问题，可以尝试调小timestep