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[GROMACS] 求助:请问gromacs统计数密度分布和质量密度分布之间能否进行换算

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楼主
求助:请问各位老师gromacs统计数密度分布和质量密度分布之间能否进行换算,gmx density 命令软件默认算的是质量密度,我知道加-dens number 是算数密度,请问这两者之间是否可以通过乘以一个系数来进行换算

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-27 22:54:49 | 只看该作者 Only view this author

好的,非常感谢卢老师!

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发表于 Post on 2025-3-27 22:45:39 | 只看该作者 Only view this author
Lisy 发表于 2025-3-27 22:36
就是如果统计的是水,就没办法这样去换算了,但得到的这个水的质量密度分布还是有意义的对吧

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-27 22:36:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-27 22:18
你统计氧的数密度,乘以16,就成了质量密度
不能统计水,因为H和O的原子质量不同

就是如果统计的是水,就没办法这样去换算了,但得到的这个水的质量密度分布还是有意义的对吧

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发表于 Post on 2025-3-27 22:18:07 | 只看该作者 Only view this author
Lisy 发表于 2025-3-27 22:00
谢谢卢老师,比如我统计水分子的数密度在界面的分布,其第一个主峰的数密度数值是132/nm-3,我换成统计质 ...

你统计氧的数密度,乘以16,就成了质量密度
不能统计水,因为H和O的原子质量不同
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-27 22:00:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-27 20:27
如果被统计的组的原子的质量只有一种,显然数密度乘以单个原子的质量就是质量密度

谢谢卢老师,比如我统计水分子的数密度在界面的分布,其第一个主峰的数密度数值是132/nm-3,我换成统计质量密度统计出来其数值是1500kg/m3,感觉好像不是差了18这个系数,这是为什么呢?

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发表于 Post on 2025-3-27 20:27:22 | 只看该作者 Only view this author
如果被统计的组的原子的质量只有一种,显然数密度乘以单个原子的质量就是质量密度
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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