CPMD软件有没有中文说明书？

15whyhq · 发表于 Post on 2017-3-2 15:58:09

CPMD软件谁有没有中文说明书？
用这个程序跑QM/MM MD，第一步的能量最小化需要哪几个输入文件？是 .mdp .pdb index.ndx这三个输入文件吗？
谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2017-3-5 15:43:26

jiangning198511 发表于 2017-3-5 15:15
GROMOS96应该和GROMACS差不多吧

相差很多。GROMACS最初是从GROMOS派生出来的，是冲着计算效率而发展的，现在已经完全不是同样的面貌。而且GROMOS收费，也没什么优势，如今已经算是很小众程序范畴了。

jiangning198511 · 发表于 Post on 2017-3-5 15:15:50

15whyhq 发表于 2017-3-4 20:58
从哪可以看出它引用的CPMD是用CPMD+GROMACS做的？我看它这个CPMD引用的文献没有提到GROMACS呀？谢谢！

GROMOS96应该和GROMACS差不多吧

jiangning198511 · 发表于 Post on 2017-3-5 15:11:52

15whyhq 发表于 2017-3-4 20:58
从哪可以看出它引用的CPMD是用CPMD+GROMACS做的？我看它这个CPMD引用的文献没有提到GROMACS呀？谢谢！

J. Chem. Phys., 2002, 116, 6941–6947.
这篇文章里写了

jiangning198511 · 发表于 Post on 2017-3-5 15:08:37

15whyhq 发表于 2017-3-4 20:58
从哪可以看出它引用的CPMD是用CPMD+GROMACS做的？我看它这个CPMD引用的文献没有提到GROMACS呀？谢谢！

那篇文章里面就写了，你仔细看看

15whyhq · 发表于 Post on 2017-3-4 20:58:43

jiangning198511 发表于 2017-3-4 15:16
GROMACS可以用AMBER的力场，何况他引用的CPMD/MM方法也是用CPMD+GROMACS做的

从哪可以看出它引用的CPMD是用CPMD+GROMACS做的？我看它这个CPMD引用的文献没有提到GROMACS呀？谢谢！

jiangning198511 · 发表于 Post on 2017-3-4 15:16:39

15whyhq 发表于 2017-3-3 16:54
但是文献写的经典动力学是用AMBER做的呀？

GROMACS可以用AMBER的力场，何况他引用的CPMD/MM方法也是用CPMD+GROMACS做的

15whyhq · 发表于 Post on 2017-3-3 16:54:07

jiangning198511 发表于 2017-3-3 11:58
从文献来看，中心区域为121个原子，QM处理；外围是43253个原子，MM处理。
应该是用CPMD+GROMACS结合做的

但是文献写的经典动力学是用AMBER做的呀？

jiangning198511 · 发表于 Post on 2017-3-3 11:58:22

15whyhq 发表于 2017-3-3 10:56
你说的 “ QM/MM MD应该能够处理上千个原子 ”是指中心的QM部分可以处理上千个原子还是指所有的原子？我 ...

从文献来看，中心区域为121个原子，QM处理；外围是43253个原子，MM处理。
应该是用CPMD+GROMACS结合做的

15whyhq · 发表于 Post on 2017-3-3 10:56:53

jiangning198511 发表于 2017-3-3 10:28
一百多个就是指全部用第一性原理(AIMD), QM/MM MD应该能够处理上千个原子，但具体如何设置需要参考相关文 ...

你说的 “ QM/MM MD应该能够处理上千个原子 ”是指中心的QM部分可以处理上千个原子还是指所有的原子？我在这篇文献里面看到他用的CPMD中心QM部分的原子个数是121个，周围的原子有43253个。它这个是amber与CPMD连用的吧。但是我在amber的手册里面没有找到amber可与CPMD连用呀？

jiangning198511 · 发表于 Post on 2017-3-3 10:28:32

15whyhq 发表于 2017-3-3 09:23
你说的 “CPMD可以处理100多个原子体系” 是说它处理的中心部分是100多个原子吗，这里的中心部分是用量 ...

一百多个就是指全部用第一性原理(AIMD), QM/MM MD应该能够处理上千个原子，但具体如何设置需要参考相关文献了

15whyhq · 发表于 Post on 2017-3-3 09:23:28

jiangning198511 发表于 2017-3-2 21:08
经典的MD是使用已经拟合好的力场来进行模拟的，可以处理非常大的体系。CPMD是通过第一性原理计算来得到力 ...

你说的 “CPMD可以处理100多个原子体系” 是说它处理的中心部分是100多个原子吗，这里的中心部分是用量子力学处理，然后它的周围有成千上万个原子，用分子力学的方法处理，是这样吗？

15whyhq · 发表于 Post on 2017-3-2 21:38:38

jiangning198511 发表于 2017-3-2 21:08
经典的MD是使用已经拟合好的力场来进行模拟的，可以处理非常大的体系。CPMD是通过第一性原理计算来得到力 ...

就算是100多个原子也比较少，况且我是想用CPMD跑QM MM MD，需要算上万个原子，那用CPMD能算QM MM MD 吗？我刚接触动力学这一块的知识，问的问题可能不太好，还请谅解，非常感谢您的解答！

jiangning198511 · 发表于 Post on 2017-3-2 21:09:47

15whyhq 发表于 2017-3-2 20:47
gromacs可以与PCMD连用跑完整的QM/MM MD？谢谢！

好像可以做，具体可以查查GROMACS得手册

jiangning198511 · 发表于 Post on 2017-3-2 21:08:59

15whyhq 发表于 2017-3-2 20:12
CPMD只能处理几十个原子吗？跑动力学怎么会只处理几十个原子呢？谢谢！

经典的MD是使用已经拟合好的力场来进行模拟的，可以处理非常大的体系。CPMD是通过第一性原理计算来得到力场，就是粒子每走一步就要计算一下力场，所以处理的体系比较小。我觉得目前CPMD可以处理100多个原子体系。没有图片中讲的那么少

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