如何使用gmx_MMPBSA计算没有配体的单个蛋白的结合自由能？

12313 · 发表于 Post on 2024-9-23 17:28:16

本帖最后由 12313 于 2024-9-23 17:35 编辑

各位老师好，我的体系是蛋白配体复合物，在之前我只对受体蛋白进行了分子动力学模拟，之后我想使用gmx_MMPBSA计算某个没有配体的单个受体蛋白的结合自由能。因为我之前只对受体蛋白进行gromacs模拟，所以我并没有建立索引，但是使用gmxMMPBSA时好像需要提供index.ndx文件，以对配体和受体进行分组，想请问该如何对受体蛋白进行分组？

12313 · 发表于 Post on 2024-9-24 16:56:31

喵星大佬发表于 2024-9-24 02:55
单个蛋白跟谁结合？不结合哪来的结合自由能

是的，不好意思，我之前犯糊涂了

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-9-24 02:55:20

单个蛋白跟谁结合？不结合哪来的结合自由能

12313 · 发表于 Post on 2024-9-23 18:08:49

已解决，gmxMMPBSA只能对复合物进行计算，无法只针对受体

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