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[CP2K] 有关计算MOF/COF与分子之间的结合能疑问

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楼主
各位老师,有关计算MOF/COF与分子之间的结合能我有两个疑问
1.我用CP2K2022.2版本计算MOF/COF吸附分子的结合能,均选择PBE、DZVP-MOLOPT-SR-GTH、DFTD3(BJ),对角化算法,开启smear,CUTOFF  500、REL_CUTOFF  60,请问是否合适?后续想做一下AIM、IGMH分析,以及请问各位老师是否还有其他分析可以做呢?2.目前我先对MOF/COF进行结构优化,把分子摆放合适位置再次结构优化,再用BSSE计算结合能。请问把分子摆放进来后做结构优化和MD哪个合适呢?
附上目前计算的结果,COF结构优化,MOF结构优化,MOF吸附分子结构优化,MOF吸附分子结合能,暂时还没有做频率分析。



MOF&COF.rar

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-16 11:33:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-16 04:07
可以
Multiwfn创建CP2K输入文件的功能的界面里直接就可以选导出cube文件
使用Multiwfn非常便利地创建CP ...

谢谢社长解答

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发表于 Post on 2025-5-16 04:07:47 | 只看该作者 Only view this author
红茶泡枸杞 发表于 2025-5-15 11:18
社长,我现在算个单点产生cube文件可以吗?周期性体系的静电势格点数据文件产生还需要什么步骤吗?

可以
Multiwfn创建CP2K输入文件的功能的界面里直接就可以选导出cube文件
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-15 11:18:31 | 只看该作者 Only view this author

社长,我现在算个单点产生cube文件可以吗?周期性体系的静电势格点数据文件产生还需要什么步骤吗?

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发表于 Post on 2025-5-14 20:06:04 | 只看该作者 Only view this author
红茶泡枸杞 发表于 2025-5-14 13:24
谢谢社长,我目前做的IGMH散点图中初步得到主要是范德华作用和弱氢键作用,当初计算的时候没有产生静电势 ...

重算不就完了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-14 13:24:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-13 23:35
Multiwfn没法对周期体系基于波函数算静电势。周期性体系的静电势的格点数据文件应当用CP2K直接产生
具体 ...

谢谢社长,我目前做的IGMH散点图中初步得到主要是范德华作用和弱氢键作用,当初计算的时候没有产生静电势的格点数据文件,现在只能做范德华势计算。

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发表于 Post on 2025-5-13 23:35:08 | 只看该作者 Only view this author
红茶泡枸杞 发表于 2025-5-13 20:52
社长您好,请问用CP2K得到周期性体系的波函数文件能否拿来做ESP分析呢?对于COF吸附小分子体系,静电势和 ...

Multiwfn没法对周期体系基于波函数算静电势。周期性体系的静电势的格点数据文件应当用CP2K直接产生
具体看COF和小分子之间是什么作用,只有范德华作用主导时才可以只考察范德华势
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-13 20:52:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-26 04:17
基组太小,而且此时还不考虑counterpoise算物理吸附能属于开玩笑(做几何优化可以),看http://bbs.keinsci ...

社长您好,请问用CP2K得到周期性体系的波函数文件能否拿来做ESP分析呢?对于COF吸附小分子体系,静电势和范德华势我只做了范德华势可以吗?

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发表于 Post on 2024-9-12 17:18:58 | 只看该作者 Only view this author
红茶泡枸杞 发表于 2024-9-12 15:59
好的谢谢社长,之前做的1*1*2超胞优化后严重变形,分子内发生了相互作用,现在做1*1*3,Z方向尺寸为11.17 ...

当前z方向仍然偏小
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-12 15:59:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-9-11 11:45
COF本身有的地方就很柔,弱相互作用造成适度的变形很正常
但也有可能模型本身不合理导致的异常(比如垂 ...

好的谢谢社长,之前做的1*1*2超胞优化后严重变形,分子内发生了相互作用,现在做1*1*3,Z方向尺寸为11.1747埃,有轻微变形,可能就是您说的弱相互作用造成的,附上优化前后的cif文件。

R.cif

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R-GEO.cif

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发表于 Post on 2024-9-11 11:45:19 | 只看该作者 Only view this author
红茶泡枸杞 发表于 2024-9-11 09:39
社长,不好意思,我再跟您确认一下,我把分子放在COF中进行结构优化,COF略有一点点变形,分子的位置优化 ...

COF本身有的地方就很柔,弱相互作用造成适度的变形很正常
但也有可能模型本身不合理导致的异常(比如垂直于层的方向晶胞尺寸太小而又没充分扩胞等),没具体文件没法说
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-11 09:39:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-9-10 14:35
如果你是指相对于cif里的结构变化不大,明显是好事,说明当前级别和设置对当前体系描述得合理

社长,不好意思,我再跟您确认一下,我把分子放在COF中进行结构优化,COF略有一点点变形,分子的位置优化前后变化不大,这样可以继续做后续弱相互作用分析吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-10 21:10:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-9-10 14:35
如果你是指相对于cif里的结构变化不大,明显是好事,说明当前级别和设置对当前体系描述得合理

好的,谢谢社长解答,我可以去做分析了

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发表于 Post on 2024-9-10 14:35:15 | 只看该作者 Only view this author
红茶泡枸杞 发表于 2024-9-9 17:55
社长您好,我用1*1*3超胞重新进行了计算,结果如下,优化前后变化不是很大,这是正常的吗?是否需要把z方 ...

如果你是指相对于cif里的结构变化不大,明显是好事,说明当前级别和设置对当前体系描述得合理
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-9 17:55:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-8-4 07:43
当前的模型严重不合理,Z方向盒子尺寸太小,导致小分子都和自己作用上了。必须先在z方向扩胞

社长您好,我用1*1*3超胞重新进行了计算,结果如下,优化前后变化不是很大,这是正常的吗?是否需要把z方向尺寸调大一点呢?out文件和molden文件附在百度网盘链接中了
通过百度网盘分享的文件:R输出
链接:https://pan.baidu.com/s/1chrXFcFk710EUW3wSs7cRA?pwd=z78i
提取码:z78i

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