分子数变化的轨迹或结构如何用vmd观看轨迹

mol · 发表于 Post on 2024-7-15 16:33:59

各位老师好，小弟最近在模拟真空气相沉积，每间隔一定时间往体系里增加1个分子，目前有多段轨迹和pdb文件，想用vmd观看分子沉积生长的过程，对于这种分子数不一样的情况观察轨迹是否有简便的方法。
初步试了试把pdb文件连起来形成多帧的pdb文件似乎不行，不知是否有其他办法，望各位老师指点。

kissw · 发表于 Post on 2025-3-12 15:55:47

mol 发表于 2024-7-18 10:26
谢谢sob老师，这种办法是可行的，唯一的遗憾是没办法根据resid或者index让不同的分子采用不同的显示模式 ...

这样子没法正常显示键连关系，我是用CPK方式绘制可以看到原子但是没法看到键，想问下有什么好办法吗

mol · 发表于 Post on 2024-7-18 10:26:43

sobereva 发表于 2024-7-15 21:40
看看这个方法行不行，直接利用VMD自带的topotools提供的特性

谢谢sob老师，这种办法是可行的，唯一的遗憾是没办法根据resid或者index让不同的分子采用不同的显示模式了。
不过这个工具倒是提供了很好的思路，可以设置一些虚原子让每一帧原子数相同。

sobereva · 发表于 Post on 2024-7-15 21:40:40

看看这个方法行不行，直接利用VMD自带的topotools提供的特性

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