如何借助MD推出分子聚集成团簇的行为真实存在?

Markmahao · 发表于 Post on 2023-8-31 07:51:26

各位老师好，如题。最近通过gromacs和AIMD模拟了一个分子在水中和界面形成团簇的行为，请问如何可以通过这个模拟轨迹证明这个团簇是可信的、稳定的？通过保持团簇的时间长短还是能量？但发现如果是AIMD的结果，跑了15 ps，他在预平衡后只能保持5-6 ps就散开了，这能说明问题吗？

Markmahao · 发表于 Post on 2023-9-1 08:58:10

sobereva 发表于 2023-8-31 15:54
通过计算结合自由能从热力学角度说明，再结合MD的动力学轨迹分析证明，就足够了

模拟设置合理的前提下， ...

明白了，谢谢sob老师！

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-31 15:54:46

通过计算结合自由能从热力学角度说明，再结合MD的动力学轨迹分析证明，就足够了

模拟设置合理的前提下，5-6 ps就散了显然不稳定

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[GROMACS] 如何借助MD推出分子聚集成团簇的行为真实存在?