[开源]ReaxTools反应动力学分析工具[1.9web网页版]

Graphite

ReaxTools 1.9版本
网页使用：http://cc-portal.xyz/reax_tools/
文档地址：https://github.com/tgraphite/reax_tools
下载地址：https://github.com/tgraphite/reax_tools/releases
如果对你有用，不妨在github上点个star，每一个star有可能都能帮助作者吃顿好的。有问题请直接加群或者我微信，每一个好工具都需要大量用户的支持和反馈，谢谢。

更新说明
1.9web 网页版上线
1.9 支持输出原子转移数、输出关键分子上下游信息子图、更好的屏幕输出
1.8 优化反应图的算法、显示、输出文件
1.7 (源码非release) 输出3-8元环统计、键数量统计
1.6.2 (源码非release) 修复了部分文件格式的bug，过于复杂的体系反应图智能设置输出上限（最频繁的那些），避免过于杂乱。
1.6.1 (源码非release) 输出不同类型键的数量随时间变化（如C-H = 1000，998...），为什么会有人关心这个，我也不知道，但客户要做，那好吧。
1.6 C++标准修改、静态编译以增强兼容性
1.6 识别非标准的lammpstrj
1.5 支持etxyz格式
1.5 可以用--dump参数将每帧输出到lammps data文件中，用ovito检查
1.5 修复CP2K的AIMD轨迹读取问题
1.5 修复了对于一些周期性体系在使用kd-tree搜索时节点跳跃错误、导致只能搜索体系1/2-1/8的重大bug

贡献名单
（论坛）@devilove @chenzhe @MISAKA19020 @svenhhhhh @wk123等多位坛友
（QQ群）JackCaptain 异丙醇铝 mch 十六 no more strawberry等多位群友
以上名单更新可能存在延迟和疏漏，感谢大家的汇报bug和提交需求，如有疏漏清联系我

自动输出结果展示
以下内容全部为结合附带绘图脚本和Graphviz自动输出，没有人工修改









旧版本下载次数统计区
1.0版本 200+
0.3版本 380+
0.3以前 200?

kidult

很有帮助！感谢大佬

Graphite

Panbow 发表于 2025-7-16 21:39
网页版打不开呢，老师 显示无法访问此页面，挂梯子也打不开

服务器状态好的很

Panbow

Graphite 发表于 2025-6-20 17:10
1.9web 重要更新

网页版打不开呢，老师 显示无法访问此页面，挂梯子也打不开

Graphite

1.9web 重要更新

ddddnight

Graphite 发表于 2025-6-16 20:51
运行时间是分钟级的，正常情况下是每分钟至少100MB的速度，不知道你什么环境
图1没成键一般要么原子类型 ...

好的好的，感谢老师

Graphite

uranusshi 发表于 2025-6-17 23:50
老师，再问下species_count.csv，bond_count.csv，ring_count.csv这三个文件如何生成？

如果文件轨迹格式正确、输入正确的话这些都是自动的

uranusshi

老师，再问下species_count.csv，bond_count.csv，ring_count.csv这三个文件如何生成？

uranusshi

Graphite 发表于 2025-6-17 16:56
id type x y z，OVITO转xyz的话，出来的xyz(extended)格式差不多像这样：

2640

感谢，轨迹文件改了个名字就好了，我原来用的是xxx.dump

Graphite

uranusshi 发表于 2025-6-17 00:38
老师，标准的lammps.trj文件格式是什么啊，我的输出轨迹文件是这样的，运行以后也没有报错，但就是不出csv ...

id type x y z，OVITO转xyz的话，出来的xyz(extended)格式差不多像这样：

2640
Lattice="....", ....
C 0.0 0.0 0.0
....
2640
Lattice="....", ....
C 1.0 0.0 0.0
....

uranusshi

老师，标准的lammps.trj文件格式是什么啊，我的输出轨迹文件是这样的，运行以后也没有报错，但就是不出csv文件。用ovito转了一下xyz文件和dump文件都没有用

Graphite

ddddnight 发表于 2025-6-15 22:50
老师，您好。请问我用最新的1.85版本，用的命令是reax_tools -f xxxx -t O,H如图所示，但是运行了七八个小 ...

运行时间是分钟级的，正常情况下是每分钟至少100MB的速度，不知道你什么环境
图1没成键一般要么原子类型标注问题要么格式奇怪，图2显示是输入参数问题
有问题可以群里问，软件usage和github上群号都写了

ddddnight

老师，您好。请问我用最新的1.85版本，用的命令是reax_tools -f xxxx -t O,H如图所示，但是运行了七八个小时还是卡在这里是什么原因呢
lammpsstrj文件上传至网盘。通过网盘分享的文件：dump.7z
链接: https://pan.baidu.com/s/1l4VZnHozMMNmTugCeebYNg?pwd=2r2w 提取码: 2r2w
--来自百度网盘超级会员v6的分享

ddddnight

大佬，是不是xyz文件不行呀，只能用.lammpsstrj文件

zxs1127

Graphite 发表于 2025-4-10 17:16
以前有的给我关掉了，主要是单双键的判断问题，之前用的基于距离和化合价匹配效果不好。

像高斯、chem ...

这个在其他结构软件也遇到过，确实不太好判断，有的时候软件识别是错误的。