请问如何让多肽N端到C端颜色过渡？

bingzan · 发表于 Post on 2023-1-6 11:09:44

老师好，请问vmd中，如何给多肽上色，使N端为蓝色，C端为红色，N到C端由蓝色到红色过渡？例如下图。

bingzan · 发表于 Post on 2023-1-10 11:52:46

mol 发表于 2023-1-8 14:07
对头，可以再bfactor或者charge这几个没用的列里面自定义数值，然后显示即可。

明白了，谢谢！

mol · 发表于 Post on 2023-1-8 14:07:16

bingzan 发表于 2023-1-7 20:51
我知道了，对于有多条蛋白/多肽体系，把pdb中，写入b factor一列，数值不重要，可以自己定，只是作为colour ...

对头，可以再bfactor或者charge这几个没用的列里面自定义数值，然后显示即可。

bingzan · 发表于 Post on 2023-1-7 20:51:45

我知道了，对于有多条蛋白/多肽体系，把pdb中，写入b factor一列，数值不重要，可以自己定，只是作为colour scale。然后利用vmd中的Beta这个colouring method，就可以画出N端到C端渐变图了。

即利用b factor Beta 着色的功能，把b factor那列换成自己想要的colour scale。

bingzan · 发表于 Post on 2023-1-7 17:56:17

mol 发表于 2023-1-6 19:40
representation里按照index之类的着色就行吧，可以试试

谢谢老师！我试过了，当体系只有一条多肽，用这个脚本可以从N端到C端实现彩虹着色。但我的体系中有多条多肽，所以用index或者直接用这个脚本着色，就会得到每条多肽被赋予了一个不同的颜色，并非我需要的每条多肽自身从N端到C端实现彩虹着色。

请问对于多条多肽体系，有什么办法能达到我上传的文献截图中的着色吗？

bingzan · 发表于 Post on 2023-1-7 17:56:08

sobereva 发表于 2023-1-7 08:08
按index着色即可。另外论坛里还有按照彩虹色变化的脚本，效果更漂亮

谢谢老师！我试过了，当体系只有一条多肽，用这个脚本可以从N端到C端实现彩虹着色。但我的体系中有多条多肽，所以用index或者直接用这个脚本着色，就会得到每条多肽被赋予了一个不同的颜色，并非我需要的每条多肽自身从N端到C端实现彩虹着色。

请问对于多条多肽体系，有什么办法能达到我上传的文献截图中的着色吗？

sobereva · 发表于 Post on 2023-1-7 08:08:38

按index着色即可。另外论坛里还有按照彩虹色变化的脚本，效果更漂亮

mol · 发表于 Post on 2023-1-6 19:40:52

representation里按照index之类的着色就行吧，可以试试

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