计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 41138|回复 Reply: 43
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 界面张力如何计算

[复制链接 Copy URL]

85

帖子

0

威望

305

eV
积分
390

Level 3 能力者

我现在做了一个两个油相的液液平衡模拟,用的是gromacs和opls力场,模拟已经完成。
现在导师想让我计算其界面张力,该如何计算。
想请教一下大神们,谢谢啦。

68

帖子

0

威望

407

eV
积分
475

Level 3 能力者

43#
发表于 Post on 2025-6-17 10:30:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-6-7 08:33
这是以前我的笔记:
计算表面张力的方法:体系界面需要垂直于Z方向。模拟一定时间,然后根据下式计算
...

sob老师您好,如果是O/W或者W/O类似的体系,界面是球形而非某一平面,又该如何计算界面张力呢

68

帖子

0

威望

407

eV
积分
475

Level 3 能力者

42#
发表于 Post on 2025-2-14 09:48:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-2-12 22:16
用单独的油水界面体系来计算油-水表面张力

好的,感谢老师的解答

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120134

管理员

公社社长

41#
发表于 Post on 2025-2-12 22:16:54 | 只看该作者 Only view this author
Jus 发表于 2025-2-12 09:12
sob老师好,我想请问下
对于有两种不同界面的体系,比如固体表面吸附了油相,油相上面又有水相,我想计 ...

用单独的油水界面体系来计算油-水表面张力
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

68

帖子

0

威望

407

eV
积分
475

Level 3 能力者

40#
发表于 Post on 2025-2-12 09:12:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-6-7 08:33
这是以前我的笔记:
计算表面张力的方法:体系界面需要垂直于Z方向。模拟一定时间,然后根据下式计算
...

sob老师好,我想请问下
对于有两种不同界面的体系,比如固体表面吸附了油相,油相上面又有水相,我想计算油水界面张力,这个公式是否就失效了
这样的体系能算其中一种界面的界面张力吗

54

帖子

0

威望

253

eV
积分
307

Level 3 能力者

39#
发表于 Post on 2024-9-20 21:10:36 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xishaofan 于 2024-9-20 22:08 编辑

你好,请问sob老师,前面提到的算界面张力的公式,我的md-nvt过程也是可以用的吗

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120134

管理员

公社社长

38#
发表于 Post on 2023-7-13 05:57:04 | 只看该作者 Only view this author
yee 发表于 2023-7-12 19:34
请问一定要垂直于Z方向吗?
X方向拉长的盒子,以Lx和Pxx代替Z的参数可以吗

可以

不过如果没有特殊原因,建议还是让界面平行于XY,更符合习俗。而且一些分析程序/脚本做了这样的假定
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

52

帖子

0

威望

315

eV
积分
367

Level 3 能力者

37#
发表于 Post on 2023-7-12 19:34:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-6-7 08:33
这是以前我的笔记:
计算表面张力的方法:体系界面需要垂直于Z方向。模拟一定时间,然后根据下式计算
...

请问一定要垂直于Z方向吗?
X方向拉长的盒子,以Lx和Pxx代替Z的参数可以吗

68

帖子

0

威望

407

eV
积分
475

Level 3 能力者

36#
发表于 Post on 2023-4-14 08:25:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-13 22:14
整个盒子Z方向尺寸

明白了,谢谢sob老师

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120134

管理员

公社社长

35#
发表于 Post on 2023-4-13 22:14:38 | 只看该作者 Only view this author
Jus 发表于 2023-4-13 07:36
不好意思sob老师,我还想确认一下这个Lz是盒子Z方向的长度的解释,如果是气液体系,我在液相盒子Z轴方向 ...

整个盒子Z方向尺寸
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

68

帖子

0

威望

407

eV
积分
475

Level 3 能力者

34#
发表于 Post on 2023-4-13 07:36:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-6-7 08:33
这是以前我的笔记:
计算表面张力的方法:体系界面需要垂直于Z方向。模拟一定时间,然后根据下式计算
...

不好意思sob老师,我还想确认一下这个Lz是盒子Z方向的长度的解释,如果是气液体系,我在液相盒子Z轴方向加了相等长度的真空,那我这个Lz代液体盒子的长度;还是要算上真空,代整个盒子的Z轴方向的长度。我代加上真空盒子算的界面张力有点大,所以不太确定代哪个。感谢sob老师的解答。

82

帖子

0

威望

489

eV
积分
571

Level 4 (黑子)

33#
发表于 Post on 2022-12-2 14:33:58 | 只看该作者 Only view this author

老师我还是没明白,我通过lammps计算可以得到xyz三个方向的压强,但是怎么就用这个公式计算γ_sl或者其他两个呢?γ_sl、γ_vl、γ_sv三个力是不一样的值吧?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120134

管理员

公社社长

32#
发表于 Post on 2022-12-2 02:41:08 | 只看该作者 Only view this author
mengxiangidea 发表于 2022-12-1 16:41
老师我想问问,固-液表面张力、气-液表面张力如何使用这个公式进行计算

一样


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

82

帖子

0

威望

489

eV
积分
571

Level 4 (黑子)

31#
发表于 Post on 2022-12-1 16:41:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-6-7 08:33
这是以前我的笔记:
计算表面张力的方法:体系界面需要垂直于Z方向。模拟一定时间,然后根据下式计算
...

老师我想问问,固-液表面张力、气-液表面张力如何使用这个公式进行计算

61

帖子

0

威望

918

eV
积分
979

Level 4 (黑子)

30#
发表于 Post on 2022-9-1 15:56:07 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 joke122 于 2022-11-11 21:46 编辑
sobereva 发表于 2016-6-3 01:29
靠两相体系XX、YY、ZZ压力分量就能计算
gmx手册里搜Surface-tension就能找到公式

谢谢,已解决

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120134

管理员

公社社长

29#
发表于 Post on 2021-1-7 23:47:47 | 只看该作者 Only view this author
gaosimeng2001 发表于 2021-1-7 14:10
卢老师,如果是模拟液-液界面,prod是做的npt,这时候是不是z轴就要变化了,用的是最后跑完的z方向长度吗 ...

最后那一刻的z方向长度没有任何特殊的意义和地位
要么取平均z轴长度,要么先NPT平衡后再改用NVT
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 12:30 , Processed in 0.353222 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list