求助gmx+plumed计算速度相比没有使用plumed大幅下降

CruiseBend · 发表于 Post on 2022-10-14 15:17:29

老师们好，我现在想使用gmx+plumed对一个8w原子的体系跑metaD，但是出现了计算速度相比与没有使用plumed大幅下降的情况（下降超过50%），也查看不到什么经验，请老师们帮忙看看
mdrun参数:
mpirun -n 4 gmx_mpi mdrun -v -deffnm Pro2 --nsteps 10000 -rdd 1.2 -ntomp 5 -pme gpu -npme 1 -pin on -bonded gpu -dlb yes -plumed plumedgtp.dat
时间cost：如图

一方面是plumed耗时太高，total有26多，感觉正常的一般是2？
一方面是PME wait for PP太高了（试了下把PME分配到gpu，更慢了；如果用CPU算bonded并且关闭dlb也会更慢）
请大家看看如何解决

CruiseBend · 发表于 Post on 2022-10-14 17:28:52

问题已解决，主要是last这个group设置的太大了

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助gmx+plumed计算速度相比没有使用plumed大幅下降

浏览过的版块