计算蛋白配体结合能g_mmpbsa问题

zhencheng874125

1.如下计算极性PB，运行时间非常长，快24小时了，电脑还在计算。是不是因为我600ns轨迹处理为3250frame，还是太大了？

echo 1 13|g_mmpbsa -f trajout.xtc -s md_0_1.tpr -n index.ndx -i polar.mdp -nomme -pbsa -decomp

2.非极性SA，虽然会运行结束，但是有诸如提示“for atomtype "2C" not found. Assigning radius to 1.00 ”
使用SASA模型: echo 1 13|g_mmpbsa -f trajout.xtc -s md_0_1.tpr -n index.ndx -i apolar_sasa.mdp -nomme -pbsa -decomp -apol sasa.xvg -apcon sasa_contrib.datWARNING: Radius


麻烦大神帮忙解答，不胜感激！

zhencheng874125

lyj714 发表于 2022-2-21 10:28
1、显然帧数太多计算这种东西根本没意义。你只需要选取最后平衡稳定的轨迹计算个几百帧就行了
2、你绝对是 ...

问题解决了，直接加到命令后面就可以

zhencheng874125

lyj714 发表于 2022-2-22 00:33
显然是蛋白，你自己看蛋白拓扑中的`[ atoms ]`部分就知道了，肯定有2C/3C，g_mmpbsa可以指定找不到的半径 ...

感谢大神，果然top里面有这样的原子类型，但是g_mmpbsa如何指定-vdw 1.7，这个命令还在貌似找不到，只在我们的论坛里有 g_mmpbsa 指定-rvdw 0.177，但是具体命令是什么怎么操作，有相关链接可以参考吗？

lyj714

zhencheng874125 发表于 2022-2-21 22:34
检查了半天，看命令也没法知道2C/3C atomtype问题的根源，这两个原子类型，不知道哪来的，蛋白不存在这样 ...

显然是蛋白，你自己看蛋白拓扑中的`[ atoms ]`部分就知道了，肯定有2C/3C，g_mmpbsa可以指定找不到的半径值，有个`-vdw`选项，你可以指定`-vdw 1.7`应该就差不多是碳原子的了。

zhencheng874125

lyj714 发表于 2022-2-21 10:28
1、显然帧数太多计算这种东西根本没意义。你只需要选取最后平衡稳定的轨迹计算个几百帧就行了
2、你绝对是 ...

检查了半天，看命令也没法知道2C/3C atomtype问题的根源，这两个原子类型，不知道哪来的，蛋白不存在这样的类型，应该是小分子，但动力学都跑成功了，应该没问题拜托大神帮忙解答，不胜感激！

zhencheng874125

lyj714 发表于 2022-2-21 10:28
1、显然帧数太多计算这种东西根本没意义。你只需要选取最后平衡稳定的轨迹计算个几百帧就行了
2、你绝对是 ...

检查了半天，看命令也没法知道2C/3C atomtype问题的根源，这两个原子类型，不知道哪来的，蛋白不存在这样的类型，应该是小分子，但动力学都跑成功了，应该没问题拜托大神帮忙解答，不胜感激！

zhencheng874125

lyj714 发表于 2022-2-21 10:28
1、显然帧数太多计算这种东西根本没意义。你只需要选取最后平衡稳定的轨迹计算个几百帧就行了
2、你绝对是 ...

能及时回复，太感谢了。缩小到200帧，其他问题解决了，就差半径，确实是amber14。那能怎样解决这个问题呢？？

lyj714

1、显然帧数太多计算这种东西根本没意义。你只需要选取最后平衡稳定的轨迹计算个几百帧就行了
2、你绝对是用的amber14力场，那种原子名称g_mmpbsa不直接支持，所以找不到它的范德华半径，会用默认的1.0
3、你算都没算完不可能做后序步骤，显然polar.xvg中的数据还没算完

zhencheng874125

又遇到一个新问题Error using MmPbSaStat.py
ValueError: In Polar file, size of columns are not equal.
3.使用bootstrap方法计算平均结合能: python MmPbSaStat.py -bs -nbs 2000 -m energy_MM.xvg -p polar.xvg -a apolar.xvg (or sasa.xvg)
我们选python3 MmPbSaStat.py -m energy_MM.xvg -p polar.xvg -a sasa.xvg
请问，这是怎么回事呢