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[Multiwfn使用咨询] CDA电荷分解的片段定义问题

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老师:您好!我们在做CDA电荷分解的时候,需要定义两个片段,请问对于这两个片段的电荷或者是多重度进行定义的时候,我们是否有依据呢?对于已知的片段,我们可以根据常识,例如您给的例子中的CH3NH2(根据常识把片段CH3和片段CO定义为自由基),那请问,对于其他不知道的它是否带电荷(或者带几个电荷)或者是自由基的这种片段,我们需要怎样来定义它的电荷(自选多重度)呢?还是我们根据化学直觉去判断,如何保证总的电荷(自旋多重度)和复化合物是一致的就可以了呢?谢谢老师!

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发表于 Post on 2020-5-12 22:52:35 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2020-5-12 16:29
老师,您好,您说d和b为负值的时候不能用于讨论电子转移,那请问带有负值的d和b轨道否影响对应r的讨论呢 ...

d,b是什么情况和r没直接关系。为负的时候照常讨论r
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-12 16:29:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-21 05:35
1 d、b是分别计算的,公式不一样,d是用片段1的占据轨道与片段2的空轨道计算的,b是片段2的占据轨道与 ...

老师,您好,您说d和b为负值的时候不能用于讨论电子转移,那请问带有负值的d和b轨道否影响对应r的讨论呢?例如上图的98号轨道,d具有明显的负值,其r也是最负,因此得出98号轨道体现出明显的反键轨道特征,我想问的是:即使d具有明显的负值,该结论也不会发生改变?是吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-13 15:08:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-13 12:58
去掉弥散再算单点即可。
如果你要考察每两个片段之间的转移,只能靠d-b,虽然不总是很可靠。如果感兴 ...

谢谢老师!

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发表于 Post on 2016-3-13 12:58:33 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2016-3-13 10:48
老师:好的,谢谢老师。由于之前优化加了弥散,那么我现在进行CDA计算,是重新优化呢?还是只需要在定 ...


去掉弥散再算单点即可。
如果你要考察每两个片段之间的转移,只能靠d-b,虽然不总是很可靠。如果感兴趣的只是最终片段的电荷分布,还是用合适的方法计算原子电荷考察为宜。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-13 10:48:19 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 风飞 于 2016-3-13 10:59 编辑
sobereva 发表于 2016-3-13 10:34
CDA分析一定不要用弥散函数,在此文里特别强调了:
http://www.hanspub.org/journal/PaperInformation.a ...


老师:好的,谢谢老师。由于之前优化加了弥散,那么我现在进行CDA计算,是重新优化呢?还是只需要在定义片段的时候去掉弥散即可呢?谢谢!CDA分析说,ECDA并不适合超过两个片段的分析,因此对多个片段的净电子转移的分析,我们可以直接看CDA的d-b的结果是吗?您博文中说这个并不是很可靠,请问老师。您怎样看呢?谢谢!

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发表于 Post on 2016-3-13 10:34:36 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2016-3-13 10:28
老师:您好!输入文件和对应out文件已经上传

CDA分析一定不要用弥散函数,在此文里特别强调了:
http://www.hanspub.org/journal/P ... .aspx?paperID=16370

Co2片段计算时可看到提示
Standard basis: SDD (6D, 10F)
而其它片段和整体计算时都是现实(5D, 7F),因此不对应。为解决此问题,计算Co2的时候加上5d 7f关键词。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-13 10:28:32 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 风飞 于 2016-3-13 13:55 编辑
sobereva 发表于 2016-3-13 10:13
截图看不全,你直接把高斯输入输出文件打包发上来

老师:您好!输入文件和对应out文件已经上传

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发表于 Post on 2016-3-13 10:13:25 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2016-3-13 10:10
抱歉,老师可能是网速不好,传的时候出问题了,已经传好了 谢谢


截图看不全,你直接把高斯输入输出文件打包发上来
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-13 10:10:42 | 只看该作者 Only view this author

抱歉,老师可能是网速不好,传的时候出问题了,已经传好了 谢谢

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发表于 Post on 2016-3-13 09:49:24 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2016-3-13 09:38
老师:最近做 一个CDA分析,又出现问题了,我的把金属片段和非金属片段分开了,各个输入文件,请您看看附 ...

哪有附件?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-13 09:38:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 风飞 于 2016-3-13 10:09 编辑
sobereva 发表于 2016-1-26 16:53
没法说对Pd3的贡献,只能说C6H6与Pd3的相互作用。
可以分解为三个片段

老师:最近做 一个CDA分析,又出现问题了,我的把金属片段和非金属片段分开了,各个输入文件,请您看看附件,我把我的化合物拆分成了5个片段,由于片段1至片段4都是输入文件都是一样的,所以就只给您看了一个,由于体系中存在金属Co,所以加了匽示基组,但是单独定义片段金属时,不管有没有加那个pseudo=read,都出现这种错误,请问是什么原因呢?谢谢!

CDA.png (44.57 KB, 下载次数 Times of downloads: 120)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-27 10:13:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-27 10:03
如果d、b之一或两个都是明显负值,就不要讨论d-b,此时也没什么意义,没法对应电荷转移
如果负值很小 ...

恩 ,好 的 谢谢老师!

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发表于 Post on 2016-1-27 10:03:07 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2016-1-26 19:39
老师:您好!您之前说在CDA分析的结果中b和d出现负值是极化作用造成的,所以我们一般不考虑负的d和b的值 ...


如果d、b之一或两个都是明显负值,就不要讨论d-b,此时也没什么意义,没法对应电荷转移
如果负值很小,d-b还是可以讨论的。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-26 19:39:31 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 风飞 于 2016-1-26 19:47 编辑
sobereva 发表于 2016-1-26 16:53
没法说对Pd3的贡献,只能说C6H6与Pd3的相互作用。
可以分解为三个片段

老师:您好!您之前说在CDA分析的结果中b和d出现负值是极化作用造成的,所以我们一般不考虑负的d和b的值,那么请问有-b或者是-d存在的那一行的d-b和r是否也不考虑和分析,例如图片中的94号中b和d都是正值,因此可以考虑d-b和r的值,相反95-99中d和b都是其中有一个或者是有两个是负值,所以他们所对应d-b和r的可以不考虑。但是我们可以单独的考虑正值的d和b,是吗?

QQ图片20150108194630.png (6.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 109)

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