求助：过渡态计算新版pymatgen中找不到iddp插值方法

999938825 · 发表于 Post on 2020-10-7 18:20:04

我希望计算分子过渡态，但是受力太大，所以希望使用非线性插值，但是
我按照教程中from pymatgen_diffusion.neb.pathfinder import IDPPSolver
然而pathfinder里并没有IDPPSolver，我只看见了NEBPathfinder类，但是我
并不明白这个类的用法，请问怎么使用这个类呢？

灰飞的旋律 · 发表于 Post on 2025-6-4 16:55:18

xzzjl 发表于 2022-8-26 19:13
pymatgen 在v2021.3.5版本之后就把这个`pymatgen_diffusion`模块独立出来成了一个单独的`pymatgen-analysis ...

正解

zqian · 发表于 Post on 2024-9-11 13:58:23

zqian 发表于 2024-9-11 13:50
安装成功之后仍然显示这个错误

pymatgen-analysis-diffusion 现在在 PyPI 上作为命名空间包 pymatgen-analysis-diffusion 发布。它应该是通过 pymatgen.analysis.diffusion 导入，而不是 pymatgen_diffusion。

zqian · 发表于 Post on 2024-9-11 13:58:02

zqian 发表于 2024-9-11 13:50
安装成功之后仍然显示这个错误

已解决，pymatgen-analysis-diffusion 现在在 PyPI 上作为命名空间包 pymatgen-analysis-diffusion 发布。它应该是通过 pymatgen.analysis.diffusion 导入，而不是 pymatgen_diffusion。

zqian · 发表于 Post on 2024-9-11 13:50:33

fux 发表于 2024-6-20 14:30
pip install pymatgen-analysis-diffusion 就行

安装成功之后仍然显示这个错误

fux · 发表于 Post on 2024-6-20 14:30:29

WHY2001 发表于 2024-5-10 21:45
同学请问这个问题你解决了吗我也出现了Traceback (most recent call last):
File "/home/WHY/bin/idp ...

pip install pymatgen-analysis-diffusion 就行

WHY2001 · 发表于 Post on 2024-5-10 21:45:33

joke122 发表于 2023-9-14 22:14
好的老师，那我再试试，可能是我的库安的不对吧

同学请问这个问题你解决了吗我也出现了Traceback (most recent call last):
File "/home/WHY/bin/idpp.py", line 4, in <module>
from pymatgen.analysis.diffusion.neb.pathfinder import IDPPSolver
ModuleNotFoundError: No module named 'pymatgen.analysis.diffusion'
的报错

joke122 · 发表于 Post on 2023-9-14 22:14:14

xzzjl 发表于 2023-9-14 10:30
试了下没出现你这个问题（你上面的问题的截图好像也不全）
不过这个脚本正确的用法应该是：
python ...

好的老师，那我再试试，可能是我的库安的不对吧

xzzjl · 发表于 Post on 2023-9-14 10:30:00

joke122 发表于 2023-9-14 08:37
这是我从CP2K计算过渡态帖子上下载的

试了下没出现你这个问题（你上面的问题的截图好像也不全）
不过这个脚本正确的用法应该是：
python idpp.py ini/POSCAR fin/POSCAR 4
在ini和fin文件夹分别放入初始的POSCAR和末态的POSCAR

joke122 · 发表于 Post on 2023-9-14 08:37:42

xzzjl 发表于 2023-9-13 22:21
idpp.py这个脚本贴上来看看

这是我从CP2K计算过渡态帖子上下载的

xzzjl · 发表于 Post on 2023-9-13 22:21:45

joke122 发表于 2023-9-13 10:11
请问老师，我在下载pymatgen-analysis-diffusion后，脚本中的也按照你的方法修改了，但是在使用还是会出 ...

idpp.py这个脚本贴上来看看

joke122 · 发表于 Post on 2023-9-13 10:11:46

xzzjl 发表于 2022-8-26 19:25
上面的回答是我误会楼主的意思了。
----------------------------------------------
楼主其实找错了代 ...

请问老师，我在下载pymatgen-analysis-diffusion后，脚本中的也按照你的方法修改了，但是在使用还是会出现报错，请问这是什么原因

xzzjl · 发表于 Post on 2022-8-26 19:25:30

xzzjl 发表于 2022-8-26 19:13
pymatgen 在v2021.3.5版本之后就把这个`pymatgen_diffusion`模块独立出来成了一个单独的`pymatgen-analysis ...

上面的回答是我误会楼主的意思了。
----------------------------------------------
楼主其实找错了代码
pymatgen_diffusion.neb.pathfinder 其实在pymatgen_diffusion 模块中（现在已经独立成一个包了），是能找到IDPPSolver这个类的；
但是楼主贴的代码是pymatgen.analysis.path_finder中的源码，两个是不一样的

xzzjl · 发表于 Post on 2022-8-26 19:13:45

pymatgen 在v2021.3.5版本之后就把这个`pymatgen_diffusion`模块独立出来成了一个单独的`pymatgen-analysis-diffusion`包了，所以要额外装下这个包：
pip install pymatgen-analysis-diffusion
然后再修改下导入：
from pymatgen.analysis.diffusion.neb.pathfinder import IDPPSolver
应该就能运行了
具体细节见https://pypi.org/project/pymatgen-analysis-diffusion/

999938825 · 发表于 Post on 2020-10-8 14:30:17

get-it 发表于 2020-10-8 09:32
我读过注释中提到的jcp，不是idpp，这种方法需要先计算电荷分布然后近似地计算受力。

请问您提到的jcp是class ChgcarPotential(StaticPotential):这个模块吗？但是我不知道应该用哪一个体系的CHGCAR来作为他需要的Potential

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[VASP] 求助：过渡态计算新版pymatgen中找不到iddp插值方法

浏览过的版块