模拟分子筛在盐水溶液体系模型的问题

菜鸡互啄 · 发表于 Post on 2019-10-9 16:58:29

各位老师好，
最近想做金属盐溶液在分子筛孔道内扩散，和金属离子运动过程中自由能变化的工作，请问我该如何建立模型呢，是不是可以直接在已有的周期性体系中直接加入水分子和金属盐？就像这个图1显示的？这样的体系是用VASP算，还是用CP2K算呢？计算过程该怎样设定呢，请老师们指点迷津！非常感谢！

菜鸡互啄 · 发表于 Post on 2019-10-19 16:33:23

朙天儿发表于 2019-10-19 16:19
对了，社长博文里有这样一句话供参考。

谢谢！我认真研究一下这篇文章！

朙天儿 · 发表于 Post on 2019-10-19 16:19:25

对了，社长博文里有这样一句话供参考。

程序里的Amorphous Cell的用处和Packmol颇有类似之处，但远远不及Packmol灵活、强大。

分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

朙天儿 · 发表于 Post on 2019-10-19 16:01:10

应该是对称性的问题。

菜鸡互啄 · 发表于 Post on 2019-10-19 16:00:14

朙天儿发表于 2019-10-19 15:48
可以用相关模块建立盐溶液，直接复制平移到分子筛晶胞中就可以。
MS里可以先新建一个水分子，再建一个盐分 ...

好的，谢谢！我试一下，我之前也想着Amorphous建立水盒子，然后平移到分子筛晶胞中，但是复制过去后会自动复制成几倍的水分子，非常奇怪。

朙天儿 · 发表于 Post on 2019-10-19 15:48:52

可以用相关模块建立盐溶液，直接复制平移到分子筛晶胞中就可以。
MS里可以先新建一个水分子，再建一个盐分子。然后Modules>Amorphous Cell>Calculation 研究一下。

菜鸡互啄 · 发表于 Post on 2019-10-19 15:04:59

朙天儿发表于 2019-10-18 16:12
试探着回答一下。
可直接加水和无机盐。但是加的水一开始符合波尔兹曼分布比较好，你的应该是手动加上的吧 ...

好的，谢谢！我的水确实是手动加上去的。我的模型是用MS建的，不知道如何在已有的分子筛模型中加盐溶液，请问您有相关经验吗？

朙天儿 · 发表于 Post on 2019-10-18 16:12:37

试探着回答一下。
可直接加水和无机盐。但是加的水一开始符合波尔兹曼分布比较好，你的应该是手动加上的吧。木有看到金属盐，注意盐浓度要求。
VASP和CP2K都可以吧，具体操作，我也关注一下。

菜鸡互啄 · 发表于 Post on 2019-10-9 16:59:57

如果单纯这些水分子放在这个胞里的话，密度大约是1g/cm3

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