NO2在amber中的原子类型该是怎么样？

莫落 · 发表于 Post on 2019-3-16 11:36:19

如题。想做一个基于力场的能量分解来解释遇到的问题，但在过程中遇到原子类型分配的问题。查阅了parm99.dat文件，没有找到合适的原子类型。请问大家一般-NO2中的N和O原子的原子类型是啥？

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-16 16:08:13

AMBER力场没有完全适合NO2的原子类型，但由于做基于力场的能量分解只有范德华参数会产生影响，parm99.dat里面几种N的范德华参数都相同，所以N用哪种都可以。至于氧，就用O就可以

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[Amber] NO2在amber中的原子类型该是怎么样？