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[GROMACS] 求助:找到三乙胺盐酸晶体的cif文件后怎么得到top文件

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楼主
要使用Gromacs模拟低聚物和三乙胺盐酸盐的吸附作用,现在已经找到了三乙胺盐酸盐晶体的cif文件,请问要怎么生成三乙胺盐酸盐的top文件?或者接下来要怎么做才能进行三乙胺盐酸盐的模拟?谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-11 16:56:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-11 16:51
参考
基于分子晶体cif文件抠出分子团簇结构
https://www.bilibili.com/video/av35864488/

好的,感谢sob老师

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发表于 Post on 2019-3-11 16:51:35 | 只看该作者 Only view this author
万年流星 发表于 2019-3-11 16:36
请问sob老师,具体哪一部分是三乙胺盐酸盐要提取出来的离子部分呐?看不太懂cif文件,谢谢

参考
基于分子晶体cif文件抠出分子团簇结构
https://www.bilibili.com/video/av35864488/
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-11 16:36:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-11 16:22
从cif里把其中一个三乙胺盐酸盐的阳离子部分结构提取出来,用acpype处理之,把产生的拓扑信息引入到主top文 ...

请问sob老师,具体哪一部分是三乙胺盐酸盐要提取出来的离子部分呐?看不太懂cif文件,谢谢

2014261.cif

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三乙胺盐酸盐

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发表于 Post on 2019-3-11 16:22:50 | 只看该作者 Only view this author
从cif里把其中一个三乙胺盐酸盐的阳离子部分结构提取出来,用acpype处理之,把产生的拓扑信息引入到主top文件里,然后把ions.itp也引入到主top文件当,中用于描述Cl-部分。之后把cif弄成gro或pdb格式,把top里的其它部分特别是[molecules]部分恰当设定使之与结构文件里的记录顺序相符,然后就可以跑了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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