新手关于gromacs的几个问题，请教高手

lastzealot · 发表于 Post on 2019-2-1 10:41:10

才安装了gmx，不是很了解这个软件，只是知道很多人都在用，也是sob老师比较推荐的动力学软件。
有几个问题想咨询一下
1 都说这个软件适合模拟生物分子，请问是否适合重金属离子在水或有机溶剂中的配位
2 我没看到安装后有什么test，请问应该去哪里找input的例子？谁能给个链接？

谢谢大家

lastzealot · 发表于 Post on 2019-2-3 11:02:49

sobereva 发表于 2019-2-3 07:31
如果当周期性体系研究，CP2K、VASP、QE等等能支持动力学的第一性原理程序都可以

谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2019-2-3 07:31:18

lastzealot 发表于 2019-2-2 19:48
谢谢老师
请问哪个动力学软件可以模拟配位啊

如果当周期性体系研究，CP2K、VASP、QE等等能支持动力学的第一性原理程序都可以

ene · 发表于 Post on 2019-2-2 21:49:27

lastzealot 发表于 2019-2-2 19:48
谢谢老师
请问哪个动力学软件可以模拟配位啊

CP2K不难编译，4.1之后有了工具链，编译库和本体都是全自动的，两个个命令就搞定了

lastzealot · 发表于 Post on 2019-2-2 19:48:14

sobereva 发表于 2019-2-2 05:31
gmx不能

谢谢老师
请问哪个动力学软件可以模拟配位啊

sobereva · 发表于 Post on 2019-2-2 05:31:34

lastzealot 发表于 2019-2-1 20:09
谢谢老师，我只是想模拟配位成键情况。
从文着里可以看到cp2k可以模拟成键（比如熔盐中Th和卤素离子的距 ...

gmx不能

lastzealot · 发表于 Post on 2019-2-1 20:40:26

sobereva 发表于 2019-2-1 17:47
1 gmx模拟过程中不能涉及键的形成和断裂。如果你一开始用水合离子进行模拟，那么模拟过程中成键状态也会一 ...

比如，把金属阳离子和具有不同配位基团的螯合配体放在盒子里，能否从径向分布函数得到金属离子与哪个配位基团更易结合

lastzealot · 发表于 Post on 2019-2-1 20:09:47

本帖最后由 lastzealot 于 2019-2-1 20:14 编辑

sobereva 发表于 2019-2-1 17:47
1 gmx模拟过程中不能涉及键的形成和断裂。如果你一开始用水合离子进行模拟，那么模拟过程中成键状态也会一 ...

谢谢老师，我只是想模拟配位成键情况。
从文着里可以看到cp2k可以模拟成键（比如熔盐中Th和卤素离子的距离在成键范围内），但是cp2k太难编译，而且输入文件太复杂，就放弃了。不知道gmx是否也可以模拟类似的配位情况，仅仅通过径向分布函数获得原子之间距离，继而获得成键信息。
谢谢老师，新手求教。ps文献里用cp2k也只用了md部分，并没有用第一性原理动力学

sobereva · 发表于 Post on 2019-2-1 17:47:03

1 gmx模拟过程中不能涉及键的形成和断裂。如果你一开始用水合离子进行模拟，那么模拟过程中成键状态也会一直保持。如果你想希望出现配位键形成和断裂现象，那一般得跑从头算动力学。

2 注意，gmx更新频率很高，很多选项经常变，网上五花八门的gromacs教程没有几个适合当前最新版本（也就Justin的教程更新得勤快以迎合最新版本）
如果你就是想跑个最简单的任务，可以用我培训班里的这个

waterbox.rar (136.55 KB, 下载次数 Times of downloads: 53)

PS：在北京科音分子动力学与GROMACS培训班中会给出好几十个模拟体系的例子，详见http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html

mol · 发表于 Post on 2019-2-1 17:33:26

搜索gmx tutorial即可，配位可以，但是成键模拟不出来

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 新手关于gromacs的几个问题，请教高手

浏览过的版块